More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0171 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  57.27 
 
 
704 aa  811    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  56.48 
 
 
689 aa  794    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1854  DNA topoisomerase I  58.18 
 
 
700 aa  825    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  100 
 
 
743 aa  1532    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2058  DNA topoisomerase I  58.03 
 
 
700 aa  822    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0161  DNA topoisomerase I  58.12 
 
 
695 aa  805    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0571  DNA topoisomerase I  56.71 
 
 
702 aa  801    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  57.8 
 
 
694 aa  838    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1678  DNA topoisomerase I  58.32 
 
 
700 aa  826    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0175  DNA topoisomerase I  57.72 
 
 
694 aa  805    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.636929  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  43.44 
 
 
793 aa  629  1e-179  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  45.25 
 
 
783 aa  627  1e-178  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  43.88 
 
 
836 aa  621  1e-176  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  44.38 
 
 
789 aa  617  1e-175  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  43.74 
 
 
780 aa  610  1e-173  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  44.23 
 
 
757 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  44.37 
 
 
756 aa  608  9.999999999999999e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  44.46 
 
 
768 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  42.95 
 
 
813 aa  602  1.0000000000000001e-171  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  45.08 
 
 
758 aa  599  1e-170  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  44.25 
 
 
758 aa  601  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  42.29 
 
 
831 aa  601  1e-170  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  42.59 
 
 
767 aa  596  1e-169  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  41.76 
 
 
831 aa  594  1e-168  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  45.21 
 
 
836 aa  594  1e-168  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  41.76 
 
 
831 aa  593  1e-168  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  44.55 
 
 
691 aa  590  1e-167  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  45.43 
 
 
759 aa  589  1e-167  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  45.43 
 
 
759 aa  589  1e-167  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  43.92 
 
 
841 aa  590  1e-167  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  43.26 
 
 
751 aa  589  1e-167  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1956  DNA topoisomerase I  45.52 
 
 
700 aa  591  1e-167  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  43.29 
 
 
779 aa  588  1e-166  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  44.02 
 
 
859 aa  587  1e-166  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  42.69 
 
 
776 aa  587  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2181  DNA topoisomerase I  43.97 
 
 
693 aa  583  1.0000000000000001e-165  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0024842  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  43.03 
 
 
779 aa  585  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1674  DNA topoisomerase I  44.58 
 
 
700 aa  582  1.0000000000000001e-165  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.121954  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  40.55 
 
 
760 aa  585  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  42.23 
 
 
851 aa  581  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  42.23 
 
 
851 aa  581  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  41.79 
 
 
894 aa  579  1e-164  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  41.29 
 
 
747 aa  578  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  42.26 
 
 
853 aa  581  1e-164  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  42.19 
 
 
711 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  43.75 
 
 
693 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  42.99 
 
 
765 aa  572  1.0000000000000001e-162  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  42.58 
 
 
758 aa  574  1.0000000000000001e-162  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000450772  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  43.66 
 
 
746 aa  575  1.0000000000000001e-162  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  42.29 
 
 
748 aa  572  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000372801  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 
696 aa  570  1e-161  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0916  DNA topoisomerase I  43 
 
 
693 aa  569  1e-161  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000916095  hitchhiker  0.000814664 
 
 
-
 
NC_002936  DET0717  DNA topoisomerase I  44.33 
 
 
703 aa  568  1e-160  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0604415  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_624  topoisomerase IA  43.8 
 
 
703 aa  568  1e-160  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 
765 aa  568  1e-160  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1005  DNA topoisomerase I  44.36 
 
 
706 aa  568  1e-160  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00429671  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0652  DNA topoisomerase I  43.1 
 
 
703 aa  566  1e-160  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.957627  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  43 
 
 
758 aa  567  1e-160  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  42.9 
 
 
694 aa  567  1e-160  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  40.43 
 
 
697 aa  568  1e-160  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0158  DNA topoisomerase I  41.29 
 
 
765 aa  562  1.0000000000000001e-159  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2056  DNA topoisomerase I  40.59 
 
 
706 aa  562  1.0000000000000001e-159  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0923  DNA topoisomerase I  44.06 
 
 
714 aa  565  1.0000000000000001e-159  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1381  DNA topoisomerase I  42.57 
 
 
695 aa  565  1.0000000000000001e-159  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.500118 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2420  DNA topoisomerase I  41.81 
 
 
715 aa  558  1e-157  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  42.46 
 
 
697 aa  557  1e-157  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  44.81 
 
 
845 aa  557  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0779  DNA topoisomerase I  44.66 
 
 
706 aa  558  1e-157  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000394767  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0600  DNA topoisomerase I  40.35 
 
 
711 aa  557  1e-157  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00101448  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3684  DNA topoisomerase I  41.27 
 
 
692 aa  549  1e-155  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0116868  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3574  DNA topoisomerase I  41.41 
 
 
692 aa  550  1e-155  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000026995  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3592  DNA topoisomerase I  41.27 
 
 
692 aa  549  1e-155  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00080901  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  42.92 
 
 
710 aa  551  1e-155  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3971  DNA topoisomerase I  41.27 
 
 
692 aa  549  1e-155  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000571341  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2485  DNA topoisomerase I  41.81 
 
 
692 aa  549  1e-155  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000595417  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3845  DNA topoisomerase I  41.27 
 
 
692 aa  549  1e-155  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.270330000000001e-60 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  40.11 
 
 
696 aa  550  1e-155  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  41.18 
 
 
702 aa  549  1e-155  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3656  DNA topoisomerase I  41.14 
 
 
692 aa  547  1e-154  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000216314  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1208  DNA topoisomerase I  42.62 
 
 
721 aa  543  1e-153  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000400838  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1102  DNA topoisomerase I  43.04 
 
 
691 aa  545  1e-153  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000153126  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1304  DNA topoisomerase I  42.15 
 
 
708 aa  539  9.999999999999999e-153  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.01574  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0816  DNA topoisomerase I  41.53 
 
 
689 aa  536  1e-151  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.996687  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3875  DNA topoisomerase I  40.73 
 
 
692 aa  538  1e-151  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000221974  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1995  DNA topoisomerase I  43.27 
 
 
691 aa  538  1e-151  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14470  DNA topoisomerase I  41.5 
 
 
868 aa  536  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3931  DNA topoisomerase I  40.73 
 
 
692 aa  537  1e-151  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000332787  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1289  DNA topoisomerase I  39.29 
 
 
684 aa  538  1e-151  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.781177  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2722  DNA topoisomerase I  40.8 
 
 
690 aa  537  1e-151  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000409136  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1312  DNA topoisomerase I  40.73 
 
 
692 aa  538  1e-151  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000876522  unclonable  7.60195e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3880  DNA topoisomerase I  40.6 
 
 
692 aa  537  1e-151  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000115411  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2148  DNA topoisomerase I  41.05 
 
 
868 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25110  DNA topoisomerase I  41.05 
 
 
868 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0747  DNA topoisomerase I  42.4 
 
 
694 aa  535  1e-150  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.894323  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  42.61 
 
 
884 aa  532  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  42.46 
 
 
884 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2139  DNA topoisomerase I  41.03 
 
 
869 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.124713 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1583  DNA topoisomerase I  40.85 
 
 
868 aa  527  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.590699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3603  DNA topoisomerase I  41.03 
 
 
869 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0171104  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1335  DNA topoisomerase I  42.19 
 
 
691 aa  526  1e-148  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.419976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>