23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3374 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_3374  NERD domain-containing protein  100 
 
 		 329 aa  692    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000216973  decreased coverage  0.000336538 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0647  NERD domain-containing protein  90.58 
 
 		 329 aa  635    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.016807  hitchhiker  0.00000125306 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0648  NERD domain-containing protein  90.27 
 
 		 329 aa  626  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0135957 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3845  NERD domain-containing protein  85.71 
 
 		 329 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000986897 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0675  NERD domain-containing protein  84.8 
 
 		 329 aa  592  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.160777  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3657  NERD domain-containing protein  61.82 
 
 		 351 aa  434  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.779126  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3685  NERD domain-containing protein  62.61 
 
 		 353 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3961  NERD domain-containing protein  39.22 
 
 		 310 aa  233  5e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0609224  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0336  hypothetical protein  43.32 
 
 		 234 aa  192  9e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1003  NERD domain-containing protein  28 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0218  NERD domain protein  31.1 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3205  NERD domain protein  28 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.474591  normal  0.680793 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0334  NERD domain-containing protein  27.78 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0988306  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0442  NERD domain protein  32.74 
 
 		 261 aa  53.5  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0503  NERD domain-containing protein  27.68 
 
 		 224 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.180514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1416  NERD domain-containing protein  24.07 
 
 		 225 aa  51.2  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0664  HRDC domain-containing protein  23.95 
 
 		 361 aa  48.9  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0121317  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0665  HRDC domain-containing protein  23.35 
 
 		 361 aa  47.8  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.126203  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0849  NERD domain protein  28.71 
 
 		 286 aa  47  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  30.69 
 
 		 211 aa  45.8  0.0009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  29.55 
 
 		 281 aa  45.4  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2239  primosome assembly protein PriA  39.13 
 
 		 733 aa  43.1  0.007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  37.84 
 
 		 228 aa  43.1  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>