More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1035 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1035  diguanylate cyclase  100 
 
 		 313 aa  620  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 325 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 325 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  29.13 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 361 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.75 
 
 		 772 aa  113  4.0000000000000004e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 432 aa  113  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 668 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 668 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 411 aa  110  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 360 aa  109  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 594 aa  109  8.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3329  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 235 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  31.56 
 
 		 381 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 325 aa  106  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 405 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 566 aa  106  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.25 
 
 		 610 aa  106  5e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 343 aa  106  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 417 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 354 aa  105  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  35 
 
 		 542 aa  105  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 356 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 794 aa  105  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  36.96 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  36.96 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 252 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 384 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 259 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 386 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 610 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 603 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 659 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 555 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  34.31 
 
 		 411 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  40.49 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 513 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 430 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  34.09 
 
 		 364 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.79 
 
 		 485 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 430 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 430 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 430 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 385 aa  103  3e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 482 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 		 410 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 422 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 523 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 622 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 381 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 384 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 517 aa  102  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3451  GGDEF family protein  33.65 
 
 		 909 aa  102  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 393 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 485 aa  102  7e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 544 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 317 aa  102  8e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 		 638 aa  102  8e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 380 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 593 aa  102  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 464 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  41.25 
 
 		 341 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 417 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 563 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 595 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.34 
 
 		 710 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 235 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 582 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  29.13 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 556 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 611 aa  100  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 580 aa  101  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 309 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  34.84 
 
 		 430 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 576 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 459 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 430 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  28.39 
 
 		 443 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 241 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 241 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 642 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 387 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 635 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 632 aa  99.8  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>