102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4446 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4446  hypothetical protein  100 
 
 		 229 aa  460  1e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4960  TetR family transcriptional regulator  92.17 
 
 		 230 aa  429  1e-119  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0493125  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  53.33 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3552  regulatory protein TetR  42.76 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4047  transcriptional regulator, TetR family  39.31 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  23.45 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 183 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1602  transcriptional regulator  21.05 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0331088  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  26.45 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3105  TetR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 260 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 223 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  31.73 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 225 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0251  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 202 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  24.36 
 
 		 218 aa  52.8  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  24.11 
 
 		 223 aa  52  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 185 aa  49.7  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 234 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 258 aa  49.3  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  25.56 
 
 		 260 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 239 aa  48.5  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  48.5  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  22.14 
 
 		 304 aa  48.5  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 343 aa  47.8  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04290  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 230 aa  48.1  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0356089  normal  0.115644 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 244 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  24.77 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 244 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 244 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 278 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  25.98 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  27.2 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 230 aa  46.6  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 271 aa  46.6  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 216 aa  46.2  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  25.74 
 
 		 223 aa  45.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 		 206 aa  45.8  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  26.36 
 
 		 236 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 255 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 190 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  29.7 
 
 		 221 aa  45.4  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 240 aa  45.4  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 259 aa  45.1  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 221 aa  45.4  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 239 aa  45.4  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2143  hypothetical protein  38.81 
 
 		 162 aa  44.7  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.690061  normal  0.360531 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  21.54 
 
 		 267 aa  44.3  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3109  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0137482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 231 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 223 aa  44.3  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  23.49 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  30.09 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  23.38 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 222 aa  43.9  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  24.2 
 
 		 268 aa  43.9  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  27.82 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  23.85 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  25.2 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3783  putative TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 292 aa  43.1  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1632  Tetracyclin repressor domain protein  24.85 
 
 		 207 aa  43.5  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0188717 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  27.46 
 
 		 220 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  25.33 
 
 		 239 aa  43.5  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1702  regulatory protein TetR  29.75 
 
 		 199 aa  43.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3344  hypothetical protein  29.36 
 
 		 236 aa  42.7  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 249 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3670  hypothetical protein  29.36 
 
 		 236 aa  42.7  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3471  hypothetical protein  29.36 
 
 		 236 aa  42.7  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00958807 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 238 aa  42.4  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  23.93 
 
 		 220 aa  42.4  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 223 aa  42.4  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4572  putative transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 223 aa  42  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145324  normal  0.111989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 247 aa  42  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  26.01 
 
 		 213 aa  42  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  27.5 
 
 		 225 aa  41.6  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  27.5 
 
 		 225 aa  41.6  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  27.5 
 
 		 225 aa  41.6  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  23.6 
 
 		 266 aa  42  0.009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>