148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3109 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3109  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
205 aa  400  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0137482  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2143  hypothetical protein  37.25 
 
 
162 aa  80.1  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.690061  normal  0.360531 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0287  hypothetical protein  32.21 
 
 
150 aa  75.1  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.889476  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
207 aa  65.5  0.0000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
285 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 
185 aa  57.8  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 
225 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 
204 aa  55.8  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 
183 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  30.69 
 
 
221 aa  55.5  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 
218 aa  55.5  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  34.94 
 
 
239 aa  55.5  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
250 aa  55.1  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 
213 aa  54.7  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04290  transcriptional regulator  32 
 
 
230 aa  54.3  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0356089  normal  0.115644 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 
211 aa  53.9  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 
237 aa  53.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 
268 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
239 aa  51.6  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 
223 aa  51.2  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
223 aa  51.2  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 
253 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 
218 aa  50.8  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 
221 aa  50.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
235 aa  50.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 
239 aa  49.7  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
245 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  28.87 
 
 
222 aa  49.7  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
234 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 
242 aa  50.1  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 
223 aa  49.7  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
210 aa  49.3  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
258 aa  49.3  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0632  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 
226 aa  49.3  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.639401  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0135  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 
217 aa  48.9  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
210 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
211 aa  48.5  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  33.08 
 
 
246 aa  48.5  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
225 aa  48.1  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 
315 aa  48.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
173 aa  48.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
193 aa  47.8  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 
236 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  29.27 
 
 
223 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
189 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  25.97 
 
 
227 aa  46.6  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 
207 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  30.7 
 
 
253 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 
224 aa  46.6  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
176 aa  46.6  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
196 aa  46.2  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  31.71 
 
 
189 aa  46.2  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
208 aa  46.2  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2879  regulatory protein TetR  29.25 
 
 
226 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3617  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
219 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3140  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
250 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.852276  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
219 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3202  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
250 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0591  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 
221 aa  45.8  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.581087 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3152  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
250 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5533  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
219 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal  0.987341 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
217 aa  46.2  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3500  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 
186 aa  45.8  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711575  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  24.39 
 
 
343 aa  45.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0181  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 
215 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
224 aa  45.4  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0664  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 
215 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0631  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 
215 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  32.91 
 
 
219 aa  45.4  0.0005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  25.17 
 
 
218 aa  45.4  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 
222 aa  45.4  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10210  transcriptional regulator  32.79 
 
 
272 aa  45.4  0.0006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.0650558 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3520  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
236 aa  45.1  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 
190 aa  45.1  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3560  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
247 aa  45.1  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.499755  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  33.72 
 
 
235 aa  45.1  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 
205 aa  45.1  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2430  transcriptional regulator, TetR family  38.27 
 
 
252 aa  45.1  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.522174  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  24.59 
 
 
249 aa  45.1  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
229 aa  44.7  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3674  nucleoid occlusion protein  27.42 
 
 
199 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00408157  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1422  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 
223 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
217 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  27.73 
 
 
249 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 
258 aa  44.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4446  hypothetical protein  29.17 
 
 
229 aa  44.3  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  24.22 
 
 
248 aa  43.9  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0837  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 
238 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.895795  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 
245 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3334  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
185 aa  44.7  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
218 aa  44.3  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
197 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1324  nucleoid occlusion protein  25.53 
 
 
231 aa  44.3  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.892359 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
271 aa  43.9  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 
214 aa  44.3  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 
272 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 
239 aa  44.3  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
204 aa  43.5  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>