155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0775 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 185 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  63.24 
 
 		 190 aa  243  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3334  TetR family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  27.15 
 
 		 218 aa  57.8  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3109  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 205 aa  57.8  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0137482  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  27.93 
 
 		 223 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 183 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 258 aa  54.3  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 239 aa  53.9  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  21.29 
 
 		 224 aa  53.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0287  hypothetical protein  26.56 
 
 		 150 aa  53.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.889476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 230 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  34.12 
 
 		 239 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  52.4  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 238 aa  52.4  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 244 aa  52  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 244 aa  51.6  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 244 aa  51.6  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 227 aa  51.2  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 234 aa  51.2  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 223 aa  50.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 250 aa  50.1  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  25.35 
 
 		 228 aa  49.7  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 268 aa  49.7  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 211 aa  49.3  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4446  hypothetical protein  31.25 
 
 		 229 aa  49.7  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4679  regulatory protein TetR  28.24 
 
 		 213 aa  48.9  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 253 aa  48.9  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2976  regulatory protein TetR  37.35 
 
 		 199 aa  48.5  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 210 aa  48.5  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 229 aa  48.5  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 211 aa  48.5  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 		 304 aa  48.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  24.35 
 
 		 245 aa  47.8  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 200 aa  47.8  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 233 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 259 aa  47.4  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4960  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 230 aa  47.4  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0493125  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 		 265 aa  47.4  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0672  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 257 aa  47.4  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 255 aa  47  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  32.88 
 
 		 219 aa  47.4  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3750  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 215 aa  46.6  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  26.22 
 
 		 198 aa  46.6  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6425  putative transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 		 247 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00857124 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0559  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 215 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0135  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2143  hypothetical protein  26.72 
 
 		 162 aa  47  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.690061  normal  0.360531 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  33.73 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  24.69 
 
 		 253 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 315 aa  46.6  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04290  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 230 aa  46.6  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0356089  normal  0.115644 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  27.36 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  27.22 
 
 		 220 aa  47  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  33.73 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0585  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 215 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.581317 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0384  transcriptional regulator, TetR family  24.43 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  33.73 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 220 aa  47  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  23.24 
 
 		 214 aa  46.6  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1574  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 258 aa  46.2  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3074  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3134  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.641409  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0040  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 234 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3091  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0742554 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  24.67 
 
 		 234 aa  46.2  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4012  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 195 aa  45.8  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00441742  normal  0.139253 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3552  regulatory protein TetR  26 
 
 		 235 aa  45.8  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  31.54 
 
 		 239 aa  45.8  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 		 211 aa  45.4  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 242 aa  45.4  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 259 aa  45.4  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 218 aa  45.4  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 200 aa  45.4  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 203 aa  45.1  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  27.1 
 
 		 210 aa  45.1  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0181  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 215 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0664  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 215 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0631  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 215 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  29.17 
 
 		 190 aa  44.7  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 216 aa  44.7  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 204 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 211 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2589  regulatory protein TetR  44.44 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  31.65 
 
 		 343 aa  43.9  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 245 aa  43.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3140  TetR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 250 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.852276  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  28.18 
 
 		 215 aa  43.1  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>