161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2588 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2588  hypothetical protein  100 
 
 		 1022 aa  2069    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2254  PKD domain-containing protein  51.5 
 
 		 1011 aa  177  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000165849  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1670  PKD domain containing protein  42.17 
 
 		 635 aa  147  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  unclonable  0.00387943  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1743  PKD domain containing protein  41.3 
 
 		 635 aa  146  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.619925  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1501  peptidase-like  45.89 
 
 		 1376 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0114  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2204  PKD  45.73 
 
 		 634 aa  132  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.541832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0512  PKD domain-containing protein  46.6 
 
 		 706 aa  131  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0022816  normal  0.634462 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1733  hypothetical protein  29.5 
 
 		 746 aa  117  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.658961  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0315  hypothetical protein  29.47 
 
 		 377 aa  112  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.985096  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3908  PQQ enzyme repeat  28.06 
 
 		 374 aa  103  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.998935 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08210  hypothetical protein  26.97 
 
 		 450 aa  103  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3844  hypothetical protein  28.33 
 
 		 374 aa  102  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4012  hypothetical protein  27.78 
 
 		 374 aa  102  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3952  PQQ enzyme repeat  28.33 
 
 		 374 aa  102  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3830  PQQ enzyme repeat  28.33 
 
 		 374 aa  101  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.289046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4630  hypothetical protein  27.07 
 
 		 371 aa  100  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318909 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1412  hypothetical protein  31.87 
 
 		 482 aa  100  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08220  hypothetical protein  27.94 
 
 		 399 aa  98.6  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.338612  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK03460  PQQ enzyme repeat, putative  27.62 
 
 		 366 aa  98.2  6e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.00631598  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6621  hypothetical protein  27.87 
 
 		 374 aa  97.8  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.915874  normal  0.389928 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6693  hypothetical protein  27.6 
 
 		 374 aa  97.8  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.354856 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5850  hypothetical protein  28.14 
 
 		 374 aa  96.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0761849  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2805  glycosyl hydrolase family chitinase  36.36 
 
 		 868 aa  97.1  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2888  glycosyl hydrolase family chitinase  35.86 
 
 		 868 aa  97.1  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6217  hypothetical protein  28.14 
 
 		 374 aa  96.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00197395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2984  glycosyl hydrolase family chitinase  35.78 
 
 		 868 aa  96.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3714  PKD domain containing protein  38.89 
 
 		 1771 aa  96.3  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.333758  normal  0.0659323 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2974  PKD domain-containing protein  41.46 
 
 		 833 aa  95.1  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0411  hypothetical protein  26.13 
 
 		 454 aa  94.7  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02194  hypothetical protein  34.8 
 
 		 985 aa  92  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0607  hypothetical protein  31.02 
 
 		 481 aa  90.9  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.469545  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3093  glycoside hydrolase family protein  38.04 
 
 		 868 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.73338  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0547  hypothetical protein  26.1 
 
 		 376 aa  90.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22881  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2751  hypothetical protein  26.47 
 
 		 481 aa  89.4  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.105427  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3083  glycoside hydrolase family 18  37.5 
 
 		 867 aa  88.2  7e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.204167  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1284  glycoside hydrolase family 18  37.5 
 
 		 868 aa  88.2  8e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.113127  normal  0.562085 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3236  glycoside hydrolase family protein  37.5 
 
 		 868 aa  88.2  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3061  hypothetical protein  28.36 
 
 		 481 aa  87.8  9e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3063  hypothetical protein  28.46 
 
 		 481 aa  87.4  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173751  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2626  Thioredoxin domain protein  26.35 
 
 		 597 aa  86.7  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.118901  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3228  hypothetical protein  30.15 
 
 		 481 aa  85.9  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0807  hypothetical protein  30.51 
 
 		 473 aa  84.7  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0361  hypothetical protein  32.31 
 
 		 485 aa  84.7  0.000000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0484  Thioredoxin domain protein  28.68 
 
 		 600 aa  84.3  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2136  chitinase  36.32 
 
 		 869 aa  84.3  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000620509  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1428  chitinase  34.16 
 
 		 972 aa  84  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0106  chitinase  37.07 
 
 		 848 aa  84  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1351  Thioredoxin domain protein  25.42 
 
 		 600 aa  84  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.53588  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06955  chitinase  35.85 
 
 		 855 aa  82.4  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1100  glycoside hydrolase family protein  34.35 
 
 		 863 aa  82.4  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.167101  normal  0.565849 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0152  PKD  35.39 
 
 		 506 aa  82  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000535415  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000945  chitinase  34.98 
 
 		 848 aa  82  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1430  Thioredoxin domain protein  26.2 
 
 		 597 aa  81.6  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.823534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1830  Thioredoxin domain protein  26.52 
 
 		 597 aa  79.7  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2093  hypothetical protein  27.13 
 
 		 483 aa  79.3  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.246062  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1823  hypothetical protein  25.37 
 
 		 477 aa  79.3  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1822  hypothetical protein  24.72 
 
 		 474 aa  78.2  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4525  Parallel beta-helix repeat protein  42 
 
 		 488 aa  75.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.0000000000043731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3452  hypothetical protein  30.89 
 
 		 719 aa  76.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.153341  normal  0.241088 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2339  APHP domain protein  27.88 
 
 		 2002 aa  75.5  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2953  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  45.05 
 
 		 1004 aa  74.3  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.5475 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2109  Spore coat protein CotH  44.09 
 
 		 835 aa  73.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00013644  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1726  hypothetical protein  25.4 
 
 		 494 aa  72.4  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  39.04 
 
 		 1750 aa  72  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0807  hypothetical protein  25.28 
 
 		 587 aa  70.1  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0970671  normal  0.272045 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1791  protein of unknown function DUF1566  24.84 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2962  DNA/RNA non-specific endonuclease  39.53 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1653  hypothetical protein  26.3 
 
 		 439 aa  67.4  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4740  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  33.71 
 
 		 1217 aa  66.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.51333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2564  PKD domain-containing protein  37.57 
 
 		 1107 aa  65.9  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.543991 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  33.33 
 
 		 873 aa  65.1  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6125  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  38.46 
 
 		 1212 aa  63.5  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  unclonable  0.000714594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1819  PKD domain containing protein  35.62 
 
 		 3197 aa  63.5  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0424  hypothetical protein  26.39 
 
 		 486 aa  62.8  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0248  PKD domain-containing protein  33.15 
 
 		 3278 aa  62  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.748556 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1505  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  33.68 
 
 		 816 aa  60.1  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.869244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0590  PE-PGRS family protein  46.81 
 
 		 665 aa  59.7  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004053  hypothetical protein  30.81 
 
 		 994 aa  60.1  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000445976  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0797  protease domain-containing protein  32.49 
 
 		 1393 aa  59.7  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3196  glycosyl hydrolase family chitinase  28.14 
 
 		 861 aa  59.3  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0825971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0622  PKD domain containing protein  30.1 
 
 		 1057 aa  58.9  0.0000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.40107 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2535  hypothetical protein  25.58 
 
 		 670 aa  58.5  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406731  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0338  cytochrome c5530 family protein  41.32 
 
 		 969 aa  57.8  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.808886  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0371  hypothetical protein  23.63 
 
 		 915 aa  57.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000837445  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2748  hypothetical protein  34.96 
 
 		 1601 aa  57.4  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4979  Carbohydrate-binding family 9  34.57 
 
 		 1418 aa  57.8  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.502529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0436  hypothetical protein  25.9 
 
 		 316 aa  56.6  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0168  protein of unknown function DUF1566  23.26 
 
 		 333 aa  55.5  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3141  protease domain-containing protein  30.93 
 
 		 1393 aa  55.5  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1422  PKD domain containing protein  35.23 
 
 		 400 aa  55.1  0.000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1112  hypothetical protein  30.04 
 
 		 901 aa  55.1  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0403332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3457  hypothetical protein  21.25 
 
 		 618 aa  55.1  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3266  hypothetical protein  34.83 
 
 		 176 aa  54.3  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0625  PE-PGRS family protein  40.82 
 
 		 665 aa  54.3  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.215384  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2887  cytochrome c family protein  39.56 
 
 		 884 aa  53.1  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0141387  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3468  serine/threonine protein kinase  37.63 
 
 		 463 aa  53.5  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2431  FG-GAP repeat protein  32.87 
 
 		 3197 aa  53.5  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1809  putative protease  29.5 
 
 		 656 aa  53.1  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4788  hypothetical protein  25.88 
 
 		 514 aa  53.1  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.927804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2076  protein of unknown function DUF1566  33.63 
 
 		 317 aa  52.4  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000300588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>