More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1819 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1819  PKD domain containing protein  100 
 
 		 3197 aa  6475    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2431  FG-GAP repeat protein  90.12 
 
 		 3197 aa  5796    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2668  hypothetical protein  40.82 
 
 		 1743 aa  142  8.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3729  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  40.82 
 
 		 1753 aa  142  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4457  PKD domain containing protein  36.79 
 
 		 1565 aa  130  6e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02880  PDK repeat-containing protein  30.68 
 
 		 1916 aa  127  3e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0909  PKD domain-containing protein  36.13 
 
 		 517 aa  121  1.9999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0741281  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2824  PKD domain containing protein  34.48 
 
 		 734 aa  115  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3026  PKD domain-containing protein  37.39 
 
 		 552 aa  114  4.0000000000000004e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3494  hypothetical protein  27.55 
 
 		 861 aa  110  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00785016  normal  0.357624 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1387  integrin-like protein  32.52 
 
 		 1490 aa  107  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.051369 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3714  PKD domain containing protein  36.04 
 
 		 1771 aa  106  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.333758  normal  0.0659323 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  33.45 
 
 		 735 aa  105  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2619  PKD domain-containing protein  39.71 
 
 		 998 aa  104  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2254  PKD domain-containing protein  33.17 
 
 		 1011 aa  103  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000165849  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0597  PKD  25.38 
 
 		 1862 aa  103  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.579359  normal  0.139276 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0753  PKD domain-containing protein  33.55 
 
 		 528 aa  102  9e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.095216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0100  PKD domain containing protein  36.32 
 
 		 1667 aa  102  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.107112 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0490  Pyrrolo-quinoline quinone  32.48 
 
 		 1545 aa  101  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2692  hypothetical protein  30.45 
 
 		 859 aa  100  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71129  normal  0.0975365 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3620  putative surface layer protein  34.39 
 
 		 752 aa  100  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  34.24 
 
 		 1019 aa  100  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2885  PKD domain-containing protein  36.11 
 
 		 991 aa  100  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1772  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  34.38 
 
 		 1340 aa  99.8  7e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2427  PKD  24.88 
 
 		 2176 aa  100  7e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0622  PKD domain containing protein  33.44 
 
 		 1057 aa  100  7e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.40107 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1505  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  42.41 
 
 		 816 aa  100  7e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.869244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  26.86 
 
 		 1094 aa  99  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1897  Nidogen, extracellular region  33.68 
 
 		 1557 aa  99.4  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0818  PKD domain-containing protein  31.33 
 
 		 530 aa  97.4  4e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0970  PKD  32.55 
 
 		 1528 aa  97.4  4e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.290385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4394  PKD domain containing protein  25.11 
 
 		 1620 aa  96.7  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133188  normal  0.147462 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1473  cell surface protein  33.45 
 
 		 679 aa  96.7  7e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00112835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0423  PKD  34.36 
 
 		 1095 aa  96.7  7e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.48667 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1906  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.56 
 
 		 2194 aa  96.3  9e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1472  cell surface protein  32.65 
 
 		 658 aa  95.9  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.055223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1479  cell surface protein  33.45 
 
 		 669 aa  96.3  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1773  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.09 
 
 		 889 aa  95.9  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.403539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4018  integrin-like protein  35.23 
 
 		 1275 aa  95.9  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0601  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.93 
 
 		 1118 aa  95.5  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2794  hypothetical protein  33.19 
 
 		 551 aa  95.1  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000111545 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1478  cell surface protein  33.67 
 
 		 675 aa  94.7  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2921  PKD domain containing protein  42.94 
 
 		 623 aa  93.6  5e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0420  PKD  29.11 
 
 		 1236 aa  93.2  7e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0326903  normal  0.301523 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4498  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.33 
 
 		 1225 aa  92.8  9e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0890  PKD domain containing protein  39.44 
 
 		 2066 aa  92.8  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0241772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1990  cell surface protein  33.19 
 
 		 1842 aa  92.8  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0402817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1069  PKD domain-containing protein  25.03 
 
 		 1783 aa  91.7  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.62393 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1474  cell surface protein  33.92 
 
 		 581 aa  92  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.12576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  35.27 
 
 		 3295 aa  92  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2204  periplasmic copper-binding  31.02 
 
 		 838 aa  91.7  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.434712 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0997  PKD domain containing protein  34.68 
 
 		 1150 aa  91.3  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.014339 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1471  cell surface protein  33.18 
 
 		 685 aa  90.9  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.133477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0657  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32.65 
 
 		 1113 aa  90.1  6e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0893942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0907  Carbohydrate binding family 6  31.86 
 
 		 845 aa  90.1  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00955406  normal  0.403954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4284  hypothetical protein  37.56 
 
 		 2169 aa  90.1  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3744  peptidase M6, immune inhibitor A  36.53 
 
 		 951 aa  90.1  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000497616  decreased coverage  0.0000986058 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0422  PKD  29.54 
 
 		 929 aa  89.7  7e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2782  cell surface protein  29.8 
 
 		 2122 aa  89.7  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.759691  hitchhiker  0.00484383 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3605  glycosyl hydrolase family chitinase  32.75 
 
 		 792 aa  89.7  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000852085  hitchhiker  0.0070526 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3737  hypothetical protein  28.49 
 
 		 1682 aa  89.7  9e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6157  Fibronectin type III domain protein  34.73 
 
 		 918 aa  89.4  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622603  normal  0.669224 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0724  cell surface protein  31.76 
 
 		 713 aa  89.4  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0666  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.66 
 
 		 891 aa  89  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2853  surface layer protein B  32.91 
 
 		 547 aa  89  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0013219  hitchhiker  0.00194524 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2918  hypothetical protein  32.05 
 
 		 791 aa  88.2  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000682782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6899  conserved repeat domain protein  31.42 
 
 		 1606 aa  88.2  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.776469  normal  0.805728 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1421  NHL repeat containing protein  30.9 
 
 		 930 aa  89  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.368909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3289  PKD repeat-containing protein  42.35 
 
 		 995 aa  88.2  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.745526  hitchhiker  0.000000829414 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02276  vcbs repeat-containing protein  28.76 
 
 		 6276 aa  89  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2840  PKD  32.35 
 
 		 963 aa  89  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0720897 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0385  integrin like protein  35.38 
 
 		 974 aa  89  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.459486 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1473  Carbohydrate binding family 6  33.48 
 
 		 719 aa  87.8  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000967191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2136  cell surface protein  28.76 
 
 		 1120 aa  87.4  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.641314  normal  0.113779 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3738  putative surface layer protein  28.95 
 
 		 575 aa  87  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6310  FG-GAP repeat protein  33.22 
 
 		 828 aa  87  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  30.38 
 
 		 1667 aa  86.7  0.000000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2980  integrin-like protein  32.94 
 
 		 1126 aa  86.7  0.000000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1798  cell surface protein  29.43 
 
 		 1300 aa  86.7  0.000000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1802  hypothetical protein  30.54 
 
 		 2036 aa  86.3  0.000000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.993129 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3736  hypothetical protein  29.48 
 
 		 978 aa  85.9  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  33.91 
 
 		 786 aa  85.9  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3936  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32.32 
 
 		 1009 aa  85.1  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00889284  hitchhiker  0.000639264 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2066  Carbohydrate binding family 6  31.35 
 
 		 870 aa  84.7  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3793  FG-GAP repeat protein  32.93 
 
 		 616 aa  85.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.361837  normal  0.627526 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1560  VCBS  32.42 
 
 		 1838 aa  85.1  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431864  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0616  FG-GAP repeat-containing protein  30.45 
 
 		 386 aa  84.7  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0513696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2368  PKD domain containing protein  30.12 
 
 		 869 aa  84.3  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.232171 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1800  hypothetical protein  29.3 
 
 		 2272 aa  84.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.999068 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4412  PKD domain containing protein  35.29 
 
 		 1602 aa  84.7  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0339694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2196  PKD domain containing protein  27.65 
 
 		 1389 aa  84.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00127205  decreased coverage  0.00000000000751433 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0424  PKD  28.52 
 
 		 1292 aa  84  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.854916 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4497  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.05 
 
 		 1222 aa  84  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0305  PKD domain containing protein  42.54 
 
 		 317 aa  83.6  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000757155  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0620  FG-GAP repeat-containing protein  33.08 
 
 		 412 aa  84  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.146794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1440  PKD domain-containing protein  29.79 
 
 		 460 aa  83.6  0.00000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.094364  hitchhiker  0.00229761 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2953  peptidase M14 carboxypeptidase A  33.19 
 
 		 773 aa  83.6  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  31.09 
 
 		 615 aa  82.4  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1995  cell surface protein  29.45 
 
 		 1882 aa  82.8  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  unclonable  0.00993075  normal  0.508368 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3575  putative surface layer protein  29.02 
 
 		 561 aa  82.4  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.840675  normal  0.236267 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>