89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2962 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2962  DNA/RNA non-specific endonuclease  100 
 
 		 351 aa  703    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2076  DNA/RNA non-specific endonuclease  52.32 
 
 		 246 aa  255  9e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.126772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2254  PKD domain-containing protein  40.91 
 
 		 1011 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000165849  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2671  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.46 
 
 		 470 aa  77.4  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0295423  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1431  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.64 
 
 		 265 aa  76.6  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3644  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.56 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000556838  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1501  peptidase-like  42.16 
 
 		 1376 aa  70.1  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0114  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1670  PKD domain containing protein  45 
 
 		 635 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  unclonable  0.00387943  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4000  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.24 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0413  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.74 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.934421  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0152  PKD  37.17 
 
 		 506 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000535415  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2588  hypothetical protein  37.21 
 
 		 1022 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1743  PKD domain containing protein  44 
 
 		 635 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.619925  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0792  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.81 
 
 		 356 aa  64.3  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.275213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4525  Parallel beta-helix repeat protein  41.11 
 
 		 488 aa  63.5  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.0000000000043731  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1028  endonuclease  31.39 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600333  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0414  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.39 
 
 		 277 aa  62.4  0.00000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0081  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.43 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2204  PKD  44.68 
 
 		 634 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.541832  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1138  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.07 
 
 		 356 aa  61.2  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00665  putative endonuclease  25 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0795494  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2726  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.72 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.564947  normal  0.0294848 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08316  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.73 
 
 		 471 aa  58.2  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0512  PKD domain-containing protein  47.83 
 
 		 706 aa  58.2  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0022816  normal  0.634462 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0885  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.25 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.167923  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6268  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.7 
 
 		 304 aa  57  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0108  DNA/RNA non-specific endonuclease  30 
 
 		 420 aa  57  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.94824  normal  0.647846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2213  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.8 
 
 		 291 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2109  Spore coat protein CotH  40.28 
 
 		 835 aa  55.1  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00013644  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1834  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.54 
 
 		 294 aa  55.1  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1828  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.3 
 
 		 291 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3461  DNA/RNA non-specific endonuclease  42.68 
 
 		 300 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.500571 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4118  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.34 
 
 		 249 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1937  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.01 
 
 		 297 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0092281  normal  0.635085 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6632  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.28 
 
 		 289 aa  53.9  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152163 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7050  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.59 
 
 		 211 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108993 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2651  PKD domain-containing protein  33.58 
 
 		 611 aa  52.4  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2953  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  40.3 
 
 		 1004 aa  51.6  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.5475 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0934  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.2 
 
 		 217 aa  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.311565  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5415  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.53 
 
 		 293 aa  51.2  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3924  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.07 
 
 		 342 aa  50.8  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.204737  hitchhiker  0.000259019 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2129  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.68 
 
 		 283 aa  51.2  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000700063 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02818  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.78 
 
 		 232 aa  50.4  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6354  DNA/RNA non-specific endonuclease  43.55 
 
 		 295 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1835  serine protease  40.4 
 
 		 660 aa  50.1  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3593  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  35.16 
 
 		 650 aa  50.1  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1560  DNA/RNA non-specific endonuclease  33.33 
 
 		 305 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.450692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3452  hypothetical protein  39.44 
 
 		 719 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.153341  normal  0.241088 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5224  DNA/RNA non-specific endonuclease  33.33 
 
 		 305 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2748  hypothetical protein  37.7 
 
 		 1601 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7139  DNA/RNA non-specific endonuclease  46.94 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0090  putative endonuclease  27.14 
 
 		 283 aa  48.5  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.670924  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2224  PKD domain-containing protein  37.25 
 
 		 460 aa  47.4  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03360  nuclease, putative  36.23 
 
 		 364 aa  47.8  0.0003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2474  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.34 
 
 		 316 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.169636  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1188  hypothetical protein  33.61 
 
 		 645 aa  47.4  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000309413  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2923  glycoside hydrolase family 18  36.17 
 
 		 634 aa  47.4  0.0004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00791055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4634  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.85 
 
 		 297 aa  47  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0693957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2053  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.52 
 
 		 321 aa  47  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5192  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.38 
 
 		 235 aa  46.6  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1459  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.88 
 
 		 284 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000101242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1841  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.88 
 
 		 284 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000036697  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2014  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.88 
 
 		 284 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000025013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1427  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.88 
 
 		 284 aa  46.2  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000987613  decreased coverage  0.000225479 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0336  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.64 
 
 		 274 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000503068  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  30.77 
 
 		 941 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_29606  predicted protein  43.14 
 
 		 330 aa  46.2  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0259516  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0363  DNA/RNA non-specific endonuclease  38.81 
 
 		 348 aa  45.4  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4799  DNA/RNA non-specific endonuclease  45.24 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.313673 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2927  beta-1,3-glucanase precursor  35.71 
 
 		 1441 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2652  alpha amylase catalytic region  33.33 
 
 		 682 aa  44.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3398  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.68 
 
 		 248 aa  45.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.736844  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0364  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.88 
 
 		 341 aa  45.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.761571 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_79520  Mitochondrial nuclease  27.78 
 
 		 325 aa  45.1  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.553306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1443  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.74 
 
 		 388 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2089  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.97 
 
 		 283 aa  44.3  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3236  glycoside hydrolase family protein  37.61 
 
 		 868 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0603  hypothetical protein  43.4 
 
 		 1090 aa  44.3  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2239  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.73 
 
 		 314 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0949  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.82 
 
 		 337 aa  44.3  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0787893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  34.18 
 
 		 1142 aa  44.3  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3083  glycoside hydrolase family 18  37.61 
 
 		 867 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.204167  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2952  DNA/RNA non-specific endonuclease  33.73 
 
 		 342 aa  43.9  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0320896 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1284  glycoside hydrolase family 18  37.61 
 
 		 868 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.113127  normal  0.562085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3093  glycoside hydrolase family protein  37.61 
 
 		 868 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.73338  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0744  putative DNA/RNA non-specific endonuclease protein  31.53 
 
 		 275 aa  43.5  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3714  PKD domain containing protein  28.57 
 
 		 1771 aa  43.1  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.333758  normal  0.0659323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5484  hypothetical protein  31.87 
 
 		 741 aa  43.1  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4899  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.21 
 
 		 265 aa  43.1  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835138  normal  0.203553 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>