81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1501 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1501  peptidase-like  100 
 
 		 1376 aa  2769    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0114  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2254  PKD domain-containing protein  39.24 
 
 		 1011 aa  258  7e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000165849  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2926  hypothetical protein  29.25 
 
 		 618 aa  224  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.910253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1670  PKD domain containing protein  37.47 
 
 		 635 aa  172  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  unclonable  0.00387943  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1743  PKD domain containing protein  37.96 
 
 		 635 aa  166  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.619925  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3714  PKD domain containing protein  33.53 
 
 		 1771 aa  153  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.333758  normal  0.0659323 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2204  PKD  34.24 
 
 		 634 aa  151  9e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.541832  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06223  glutamate synthase domain 2  27.45 
 
 		 1309 aa  147  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.461589  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01060  glutamate synthase domain 2  27.45 
 
 		 1309 aa  147  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2588  hypothetical protein  47.62 
 
 		 1022 aa  132  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0634  hypothetical protein  25.41 
 
 		 422 aa  118  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080445  normal  0.313074 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0512  PKD domain-containing protein  39.71 
 
 		 706 aa  109  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0022816  normal  0.634462 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2974  PKD domain-containing protein  34.19 
 
 		 833 aa  100  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0152  PKD  29.71 
 
 		 506 aa  99.8  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000535415  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3452  hypothetical protein  29.59 
 
 		 719 aa  97.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.153341  normal  0.241088 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4740  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.13 
 
 		 1217 aa  90.1  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.51333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  30.79 
 
 		 1750 aa  87.8  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6125  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.57 
 
 		 1212 aa  83.6  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  unclonable  0.000714594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2564  PKD domain-containing protein  30.39 
 
 		 1107 aa  83.2  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.543991 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1644  PKD domain containing protein  24.29 
 
 		 820 aa  81.3  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3083  glycoside hydrolase family 18  41.27 
 
 		 867 aa  80.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.204167  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3093  glycoside hydrolase family protein  40.62 
 
 		 868 aa  79.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.73338  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1284  glycoside hydrolase family 18  40.21 
 
 		 868 aa  77.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.113127  normal  0.562085 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3236  glycoside hydrolase family protein  40.21 
 
 		 868 aa  77.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2109  Spore coat protein CotH  38.26 
 
 		 835 aa  73.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00013644  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2136  chitinase  34.39 
 
 		 869 aa  72  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000620509  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2888  glycosyl hydrolase family chitinase  36.84 
 
 		 868 aa  71.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06955  chitinase  31.75 
 
 		 855 aa  71.6  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5368  outer membrane adhesin like protein  25.91 
 
 		 3927 aa  71.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2805  glycosyl hydrolase family chitinase  35.83 
 
 		 868 aa  70.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2953  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  46.15 
 
 		 1004 aa  70.5  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.5475 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2962  DNA/RNA non-specific endonuclease  42.16 
 
 		 351 aa  70.1  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2984  glycosyl hydrolase family chitinase  35.83 
 
 		 868 aa  69.3  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1100  glycoside hydrolase family protein  38.54 
 
 		 863 aa  69.3  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.167101  normal  0.565849 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000945  chitinase  33.65 
 
 		 848 aa  67  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2757  hypothetical protein  51.72 
 
 		 623 aa  65.5  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0366387  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0625  PE-PGRS family protein  35.14 
 
 		 665 aa  65.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.215384  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2748  hypothetical protein  41.05 
 
 		 1601 aa  65.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1428  chitinase  33.81 
 
 		 972 aa  63.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0201  chitinase like protein  27.77 
 
 		 1204 aa  64.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.137759 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2224  PKD domain-containing protein  31.82 
 
 		 460 aa  63.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4525  Parallel beta-helix repeat protein  41.11 
 
 		 488 aa  63.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.0000000000043731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0248  PKD domain-containing protein  29.8 
 
 		 3278 aa  62.4  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.748556 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0590  PE-PGRS family protein  42.03 
 
 		 665 aa  62.4  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2073  EF hand domain/PKD domain-containing protein  33.33 
 
 		 1779 aa  60.5  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.167028  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0106  chitinase  32.09 
 
 		 848 aa  59.7  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3196  glycosyl hydrolase family chitinase  29.29 
 
 		 861 aa  59.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0825971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2148  hypothetical protein  22.69 
 
 		 532 aa  57.8  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1702  hypothetical protein  28.93 
 
 		 1512 aa  55.1  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02194  hypothetical protein  32.39 
 
 		 985 aa  53.9  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1819  PKD domain containing protein  30.5 
 
 		 3197 aa  54.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1422  PKD domain containing protein  34.69 
 
 		 400 aa  53.5  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2887  cytochrome c family protein  34.17 
 
 		 884 aa  53.1  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0141387  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3971  hypothetical protein  27.74 
 
 		 3602 aa  53.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2431  FG-GAP repeat protein  26.74 
 
 		 3197 aa  53.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3441  beta-glycosidase-like protein  23.7 
 
 		 2807 aa  52  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2085  cysteine-rich repeat protein  32.11 
 
 		 715 aa  51.2  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.164104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2139  hypothetical protein  37.5 
 
 		 1011 aa  50.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000321254  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2857  hypothetical protein  38.52 
 
 		 1208 aa  50.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3654  hypothetical protein  31.25 
 
 		 2411 aa  50.4  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3435  hypothetical protein  31.25 
 
 		 2367 aa  50.8  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3439  glycerol kinase-related  31.25 
 
 		 2454 aa  50.8  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0603  hypothetical protein  39.02 
 
 		 1090 aa  50.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2953  peptidase M14 carboxypeptidase A  29.9 
 
 		 773 aa  50.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3292  hypothetical protein  29.43 
 
 		 571 aa  50.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764747  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3437  hypothetical protein  31.25 
 
 		 2421 aa  50.1  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  34.19 
 
 		 1135 aa  49.3  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0997  PKD domain containing protein  32.21 
 
 		 1150 aa  48.9  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.014339 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0600  PKD  35.42 
 
 		 712 aa  48.5  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000134554  normal  0.252595 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2824  PKD domain containing protein  28.96 
 
 		 734 aa  47.4  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2764  PKD domain containing protein  32.64 
 
 		 1084 aa  46.6  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2921  PKD domain containing protein  30.39 
 
 		 623 aa  47  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1097  Kelch repeat-containing protein  27.41 
 
 		 1557 aa  46.6  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612946  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2844  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  41.05 
 
 		 639 aa  46.6  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0124345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5348  peptidase M36 fungalysin  34.26 
 
 		 950 aa  46.6  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  33.94 
 
 		 941 aa  46.2  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  25.34 
 
 		 1884 aa  46.2  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0622  PKD domain containing protein  33.9 
 
 		 1057 aa  45.8  0.006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.40107 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2923  glycoside hydrolase family 18  37.93 
 
 		 634 aa  45.4  0.007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00791055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  33.04 
 
 		 984 aa  45.4  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0338  cytochrome c5530 family protein  38 
 
 		 969 aa  45.1  0.01  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.808886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>