96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2089 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2089  DNA/RNA non-specific endonuclease  100 
 
 
283 aa  584  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2129  DNA/RNA non-specific endonuclease  93.99 
 
 
283 aa  525  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000700063 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1871  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.93 
 
 
263 aa  159  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000105859  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3398  DNA/RNA non-specific endonuclease  40.36 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.736844  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2565  DNA/RNA non-specific endonuclease  41.84 
 
 
267 aa  152  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000966984  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0233  DNA/RNA non-specific endonuclease  39.62 
 
 
268 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0175  DNA/RNA non-specific endonuclease  38.68 
 
 
268 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000379253  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6354  DNA/RNA non-specific endonuclease  39.81 
 
 
295 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.18 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4634  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.6 
 
 
297 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0693957  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5192  DNA/RNA non-specific endonuclease  40 
 
 
235 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2053  DNA/RNA non-specific endonuclease  45.66 
 
 
321 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0364  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.6 
 
 
341 aa  142  6e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.761571 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_79520  Mitochondrial nuclease  35.8 
 
 
325 aa  141  9.999999999999999e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.553306  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4118  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.82 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7050  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.44 
 
 
211 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108993 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2787  DNA/RNA non-specific endonuclease  33.21 
 
 
272 aa  139  7e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.148277  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5415  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.62 
 
 
293 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1431  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.29 
 
 
265 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2213  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.49 
 
 
291 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3924  DNA/RNA non-specific endonuclease  39.17 
 
 
342 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.204737  hitchhiker  0.000259019 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1937  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.49 
 
 
297 aa  135  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0092281  normal  0.635085 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0744  putative DNA/RNA non-specific endonuclease protein  40.91 
 
 
275 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7139  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.59 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0413  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.93 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.934421  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1828  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.62 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0363  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.81 
 
 
348 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02185  endodeoxyribonuclease (Eurofung)  35.25 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.221302 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0792  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.85 
 
 
356 aa  126  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.275213 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4799  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.4 
 
 
359 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.313673 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2295  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.9 
 
 
348 aa  123  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000402922  decreased coverage  0.000101093 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00665  putative endonuclease  31.88 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0795494  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2047  DNA/RNA non-specific endonuclease (Mg-dependent)  32.74 
 
 
302 aa  120  3e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.000000000000019362  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2350  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.74 
 
 
302 aa  118  9e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000288623  hitchhiker  0.00789181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3461  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.91 
 
 
300 aa  118  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.500571 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2671  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.48 
 
 
470 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0295423  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0336  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.11 
 
 
274 aa  115  6e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000503068  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5224  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.56 
 
 
305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1560  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.56 
 
 
305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.450692  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1138  DNA/RNA non-specific endonuclease  35.02 
 
 
356 aa  115  6.9999999999999995e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03360  nuclease, putative  31.2 
 
 
364 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4899  DNA/RNA non-specific endonuclease  40.24 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835138  normal  0.203553 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02818  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.36 
 
 
232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2726  DNA/RNA non-specific endonuclease  33.02 
 
 
269 aa  110  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.564947  normal  0.0294848 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1212  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.02 
 
 
348 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6268  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.88 
 
 
304 aa  108  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4000  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.36 
 
 
281 aa  107  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_6229  predicted protein  32.41 
 
 
224 aa  105  9e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3644  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.86 
 
 
279 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000556838  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4319  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.95 
 
 
315 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08316  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.6 
 
 
471 aa  99.8  4e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6632  DNA/RNA non-specific endonuclease  33.63 
 
 
289 aa  98.2  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.152163 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0630  DNA/RNA non-specific endonuclease  41.38 
 
 
170 aa  97.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.826915 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0081  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.33 
 
 
298 aa  96.7  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2226  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.09 
 
 
229 aa  95.9  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1834  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.79 
 
 
294 aa  94.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2952  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.36 
 
 
342 aa  94  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0320896 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0108  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.67 
 
 
420 aa  94  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.94824  normal  0.647846 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0622  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.7 
 
 
216 aa  93.6  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.17136  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0414  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.85 
 
 
277 aa  93.2  4e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0697  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.76 
 
 
216 aa  89.4  6e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1075  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.1 
 
 
216 aa  89  9e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.510114  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0566  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.43 
 
 
217 aa  88.2  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.00041996  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1028  endonuclease  29.82 
 
 
319 aa  86.7  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1810  nuclease  30.6 
 
 
265 aa  86.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000251579  unclonable  0.0000000338586 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2616  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.08 
 
 
446 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0874115  normal  0.258771 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4380  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.99 
 
 
189 aa  82  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1441  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.12 
 
 
217 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  hitchhiker  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0090  putative endonuclease  26.79 
 
 
283 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.670924  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_29606  predicted protein  30.88 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0259516  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0885  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.71 
 
 
283 aa  78.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.167923  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0573  endonuclease  27.13 
 
 
256 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2076  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.14 
 
 
246 aa  72  0.000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.126772  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0623  DNA/RNA endonuclease G NUC1-like protein  47.06 
 
 
148 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.214808  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4373  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.86 
 
 
117 aa  66.2  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000971862  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1443  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.36 
 
 
388 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0934  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.91 
 
 
217 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.311565  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2014  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.07 
 
 
284 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000025013  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1427  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.36 
 
 
284 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000987613  decreased coverage  0.000225479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1459  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.36 
 
 
284 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000101242  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1841  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.36 
 
 
284 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000036697  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4436  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.23 
 
 
311 aa  59.7  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0924  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.24 
 
 
422 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2975  hypothetical protein  21.84 
 
 
631 aa  57.4  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0264248  normal  0.578454 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3176  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.43 
 
 
309 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2239  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.59 
 
 
314 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4063  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.11 
 
 
644 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2962  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.97 
 
 
351 aa  51.2  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2087  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.56 
 
 
724 aa  49.3  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.29894  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47090  putative protease  27.19 
 
 
642 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0770  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.45 
 
 
273 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.827563  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2291  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.79 
 
 
721 aa  47  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.391468  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2474  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.12 
 
 
316 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.169636  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2957  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.57 
 
 
272 aa  43.9  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2530  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.84 
 
 
743 aa  43.5  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0799  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.42 
 
 
669 aa  43.5  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1035  DNA/RNA non-specific endonuclease  23.61 
 
 
305 aa  43.5  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.969234  normal  0.342127 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>