59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2474 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2474  DNA/RNA non-specific endonuclease  100 
 
 		 316 aa  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.169636  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2239  DNA/RNA non-specific endonuclease  86.71 
 
 		 314 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4436  DNA/RNA non-specific endonuclease  55.77 
 
 		 311 aa  355  3.9999999999999996e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3176  DNA/RNA non-specific endonuclease  42.54 
 
 		 309 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2975  hypothetical protein  47.76 
 
 		 631 aa  226  3e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0264248  normal  0.578454 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47090  putative protease  42.14 
 
 		 642 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4063  DNA/RNA non-specific endonuclease  41.79 
 
 		 644 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3250  DNA/RNA non-specific endonuclease  39.48 
 
 		 686 aa  193  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0799  DNA/RNA non-specific endonuclease  39.53 
 
 		 669 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0770  DNA/RNA non-specific endonuclease  40.4 
 
 		 273 aa  186  3e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.827563  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5484  hypothetical protein  40.24 
 
 		 741 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2291  DNA/RNA non-specific endonuclease  37.96 
 
 		 721 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.391468  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1035  DNA/RNA non-specific endonuclease  38.35 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.969234  normal  0.342127 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2957  DNA/RNA non-specific endonuclease  39 
 
 		 272 aa  164  3e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0949  DNA/RNA non-specific endonuclease  36.77 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0787893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2087  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.42 
 
 		 724 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.29894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1093  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.8 
 
 		 720 aa  125  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3581  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.03 
 
 		 701 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.410045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0924  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.53 
 
 		 422 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2530  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.17 
 
 		 743 aa  109  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3304  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.18 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2812  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.79 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  0.309209 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0081  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.08 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0414  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.81 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0885  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.79 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.167923  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02185  endodeoxyribonuclease (Eurofung)  27.14 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.221302 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_79520  Mitochondrial nuclease  28.65 
 
 		 325 aa  55.8  0.000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.553306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2726  DNA/RNA non-specific endonuclease  23.93 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.564947  normal  0.0294848 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00665  putative endonuclease  25.46 
 
 		 269 aa  54.3  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0795494  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1834  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.26 
 
 		 294 aa  53.1  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0413  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.67 
 
 		 293 aa  52.8  0.000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.934421  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0336  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.44 
 
 		 274 aa  52.8  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000503068  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1028  endonuclease  27.81 
 
 		 319 aa  52.4  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600333  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1431  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.48 
 
 		 265 aa  51.6  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2420  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.51 
 
 		 802 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.352257  normal  0.785952 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3644  DNA/RNA non-specific endonuclease  34.41 
 
 		 279 aa  50.1  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000556838  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4634  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.45 
 
 		 297 aa  49.7  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0693957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4799  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.36 
 
 		 359 aa  49.7  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.313673 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0792  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.52 
 
 		 356 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.275213 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1138  DNA/RNA non-specific endonuclease  22.97 
 
 		 356 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2962  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.34 
 
 		 351 aa  47.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4899  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.11 
 
 		 265 aa  47.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835138  normal  0.203553 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2129  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.17 
 
 		 283 aa  46.6  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000700063 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4000  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.47 
 
 		 281 aa  46.6  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2671  DNA/RNA non-specific endonuclease  21.99 
 
 		 470 aa  46.6  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0295423  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2213  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.44 
 
 		 291 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2076  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.21 
 
 		 246 aa  46.2  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.126772  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03360  nuclease, putative  25.45 
 
 		 364 aa  46.2  0.0008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0108  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.28 
 
 		 420 aa  45.4  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.94824  normal  0.647846 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0573  endonuclease  25.19 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2787  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.27 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.148277  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1937  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.44 
 
 		 297 aa  45.8  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0092281  normal  0.635085 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6632  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.08 
 
 		 289 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152163 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08316  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.85 
 
 		 471 aa  43.9  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0744  putative DNA/RNA non-specific endonuclease protein  24.68 
 
 		 275 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6354  DNA/RNA non-specific endonuclease  23.5 
 
 		 295 aa  44.3  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2226  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.76 
 
 		 229 aa  42.7  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2014  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.67 
 
 		 284 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000025013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1459  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.67 
 
 		 284 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000101242  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>