86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0573 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0573  endonuclease  100 
 
 		 256 aa  534  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1810  nuclease  43.22 
 
 		 265 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000251579  unclonable  0.0000000338586 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0090  putative endonuclease  43.88 
 
 		 283 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.670924  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1841  DNA/RNA non-specific endonuclease  42.92 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000036697  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1427  DNA/RNA non-specific endonuclease  42.92 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000987613  decreased coverage  0.000225479 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1443  DNA/RNA non-specific endonuclease  42.5 
 
 		 388 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1459  DNA/RNA non-specific endonuclease  42.5 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000101242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2014  DNA/RNA non-specific endonuclease  42.5 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000025013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0792  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.85 
 
 		 356 aa  87.8  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.275213 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2671  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.92 
 
 		 470 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0295423  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0081  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.2 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0233  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.19 
 
 		 268 aa  78.6  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2565  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.5 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000966984  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1431  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.19 
 
 		 265 aa  76.3  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0413  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.77 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.934421  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0175  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.37 
 
 		 268 aa  75.9  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000379253  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2726  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.79 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.564947  normal  0.0294848 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1871  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.7 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000105859  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5415  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.16 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0414  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.3 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3644  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.04 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000556838  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00665  putative endonuclease  27.01 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0795494  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4000  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.63 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2787  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.57 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.148277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2129  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.93 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000700063 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1834  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.51 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3398  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.91 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.736844  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0336  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.62 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000503068  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0108  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.89 
 
 		 420 aa  68.9  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.94824  normal  0.647846 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01795  endonuclease  55.56 
 
 		 55 aa  68.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0179531  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1028  endonuclease  28.95 
 
 		 319 aa  68.6  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600333  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0885  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.92 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.167923  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2295  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.8 
 
 		 348 aa  67.4  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000402922  decreased coverage  0.000101093 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2089  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.78 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6268  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.87 
 
 		 304 aa  65.1  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2616  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.1 
 
 		 446 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0874115  normal  0.258771 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5192  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.69 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02818  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.5 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0924  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.79 
 
 		 422 aa  63.2  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1138  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.41 
 
 		 356 aa  62.8  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7050  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.7 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108993 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4118  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.35 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1828  DNA/RNA non-specific endonuclease  23.92 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6354  DNA/RNA non-specific endonuclease  45.31 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_79520  Mitochondrial nuclease  24.22 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.553306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2213  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.9 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.718467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1937  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.57 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0092281  normal  0.635085 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4634  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.47 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0693957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4899  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.81 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835138  normal  0.203553 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2975  hypothetical protein  23.93 
 
 		 631 aa  57  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0264248  normal  0.578454 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5224  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.31 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1560  DNA/RNA non-specific endonuclease  24.31 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.450692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2047  DNA/RNA non-specific endonuclease (Mg-dependent)  33.09 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.000000000000019362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2350  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.14 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000288623  hitchhiker  0.00789181 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4799  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.26 
 
 		 359 aa  55.8  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.313673 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2952  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.37 
 
 		 342 aa  55.5  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0320896 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6632  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.7 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.152163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3461  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.94 
 
 		 300 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.500571 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3176  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.48 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3924  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.94 
 
 		 342 aa  54.3  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.204737  hitchhiker  0.000259019 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2053  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.67 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1075  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.63 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.510114  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7139  DNA/RNA non-specific endonuclease  40.62 
 
 		 309 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0744  putative DNA/RNA non-specific endonuclease protein  25.75 
 
 		 275 aa  52.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0622  DNA/RNA non-specific endonuclease  26.63 
 
 		 216 aa  52.8  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.17136  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0566  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.22 
 
 		 217 aa  51.6  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.00041996  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08316  DNA/RNA non-specific endonuclease  20.88 
 
 		 471 aa  51.6  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4436  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.26 
 
 		 311 aa  50.8  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0697  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.11 
 
 		 216 aa  50.1  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1212  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.98 
 
 		 348 aa  50.1  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2076  DNA/RNA non-specific endonuclease  31.22 
 
 		 246 aa  49.3  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.126772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2239  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.64 
 
 		 314 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1441  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.5 
 
 		 217 aa  48.9  0.00007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  hitchhiker  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2226  DNA/RNA non-specific endonuclease  32.43 
 
 		 229 aa  48.5  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02185  endodeoxyribonuclease (Eurofung)  26.09 
 
 		 334 aa  48.9  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.221302 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4319  DNA/RNA non-specific endonuclease  27.04 
 
 		 315 aa  48.5  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_6229  predicted protein  24.3 
 
 		 224 aa  48.5  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4063  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.01 
 
 		 644 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0934  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.57 
 
 		 217 aa  47.8  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.311565  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_29606  predicted protein  25.93 
 
 		 330 aa  47.8  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0259516  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0630  DNA/RNA non-specific endonuclease  28.83 
 
 		 170 aa  47.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.826915 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47090  putative protease  29.01 
 
 		 642 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2474  DNA/RNA non-specific endonuclease  25.19 
 
 		 316 aa  45.4  0.0009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.169636  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03360  nuclease, putative  28.16 
 
 		 364 aa  45.4  0.0009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0363  DNA/RNA non-specific endonuclease  30.53 
 
 		 348 aa  44.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0364  DNA/RNA non-specific endonuclease  29.27 
 
 		 341 aa  42.4  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.761571 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>