134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1896 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1896  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  100 
 
 		 687 aa  1422    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  35.79 
 
 		 735 aa  427  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  33.18 
 
 		 670 aa  373  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  33.13 
 
 		 684 aa  368  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 708 aa  312  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  32.64 
 
 		 702 aa  308  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  30.57 
 
 		 725 aa  301  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 781 aa  301  3e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 711 aa  173  7.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 705 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 705 aa  145  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 702 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  21.31 
 
 		 757 aa  112  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  19.18 
 
 		 779 aa  92  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 700 aa  62  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 698 aa  60.1  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 712 aa  59.7  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 733 aa  57  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 736 aa  57  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  25.38 
 
 		 762 aa  54.7  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  21.95 
 
 		 712 aa  54.3  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 764 aa  54.3  0.000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  21.79 
 
 		 716 aa  53.1  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 619 aa  52.8  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  24.19 
 
 		 642 aa  52.8  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3079  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.75 
 
 		 749 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.578184  normal  0.640721 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  22.26 
 
 		 761 aa  52.4  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 757 aa  52  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 736 aa  52.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 744 aa  52  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 726 aa  51.6  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 719 aa  51.6  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  27.42 
 
 		 712 aa  51.6  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 748 aa  51.2  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 698 aa  51.2  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 769 aa  50.1  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 732 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  25.31 
 
 		 839 aa  50.1  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 729 aa  50.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 742 aa  50.1  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 1128 aa  50.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  28.24 
 
 		 686 aa  50.1  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.17 
 
 		 630 aa  50.1  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 730 aa  49.7  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  26.11 
 
 		 661 aa  49.7  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 737 aa  49.3  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  24.19 
 
 		 713 aa  48.9  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 682 aa  48.9  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 791 aa  48.9  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 714 aa  48.9  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 762 aa  48.9  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 774 aa  49.3  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  23.95 
 
 		 729 aa  48.9  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.21 
 
 		 613 aa  48.5  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 713 aa  48.5  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 733 aa  48.1  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 614 aa  48.1  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 742 aa  48.1  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 734 aa  47.8  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 743 aa  47.8  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  22.53 
 
 		 701 aa  47.8  0.0007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 744 aa  47.8  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.56 
 
 		 750 aa  46.6  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  29.22 
 
 		 646 aa  46.6  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2950  TonB-dependent siderophore receptor  23.65 
 
 		 720 aa  47.4  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 730 aa  47.4  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 743 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3636  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 804 aa  47  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000134979  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 720 aa  47.4  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  21.72 
 
 		 780 aa  47  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2813  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.29 
 
 		 752 aa  47  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409295  normal  0.033455 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4255  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 720 aa  47  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  33.72 
 
 		 780 aa  47.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2662  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 781 aa  47.4  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0686  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 777 aa  45.8  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 798 aa  45.8  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3795  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 880 aa  46.2  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 694 aa  45.8  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 694 aa  46.2  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 771 aa  46.2  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  23 
 
 		 597 aa  46.6  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  23.78 
 
 		 655 aa  45.8  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5897  TonB-dependent siderophore receptor  24.74 
 
 		 705 aa  45.8  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  21.67 
 
 		 776 aa  46.2  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 687 aa  45.4  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 757 aa  45.8  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  20.82 
 
 		 751 aa  45.8  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 666 aa  45.4  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 741 aa  45.8  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 744 aa  45.8  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 670 aa  45.4  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 786 aa  45.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  25.32 
 
 		 676 aa  45.1  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 783 aa  45.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.22 
 
 		 631 aa  45.4  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 626 aa  45.4  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  22.97 
 
 		 626 aa  45.1  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 713 aa  45.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  31.15 
 
 		 862 aa  45.4  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4800  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 848 aa  45.4  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>