More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2258 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  61.29 
 
 
725 aa  890    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  59.79 
 
 
781 aa  874    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  100 
 
 
708 aa  1454    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  37.9 
 
 
735 aa  488  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  36.48 
 
 
702 aa  458  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  37.46 
 
 
670 aa  434  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  35.82 
 
 
684 aa  400  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1896  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  30.32 
 
 
687 aa  311  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390326  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  28.45 
 
 
711 aa  267  5.999999999999999e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 
705 aa  237  6e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 
705 aa  217  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 
702 aa  203  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
757 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 
779 aa  126  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 
730 aa  94  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 
667 aa  89  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.4 
 
 
698 aa  86.3  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  22.37 
 
 
710 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  23.32 
 
 
706 aa  82.4  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  22.56 
 
 
713 aa  82  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 
757 aa  81.6  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  21.85 
 
 
828 aa  80.9  0.00000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3294  TonB-dependent siderophore receptor, putative  21.43 
 
 
711 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  21.64 
 
 
705 aa  78.2  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  21.46 
 
 
774 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  21.05 
 
 
774 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  21.07 
 
 
710 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  21.46 
 
 
774 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 
694 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  21.51 
 
 
774 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  29.28 
 
 
738 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 
742 aa  75.5  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  21.46 
 
 
774 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  20.82 
 
 
700 aa  75.5  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  22.66 
 
 
709 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  22.73 
 
 
708 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  30.97 
 
 
748 aa  75.1  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  30.97 
 
 
748 aa  75.1  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  30.48 
 
 
749 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  22.33 
 
 
706 aa  74.3  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  24.36 
 
 
716 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  24.46 
 
 
711 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  23.26 
 
 
712 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  29.55 
 
 
742 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  20.97 
 
 
782 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  22.07 
 
 
706 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  29.55 
 
 
742 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  22.05 
 
 
710 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 
687 aa  72  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  20.7 
 
 
728 aa  71.6  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  29.26 
 
 
740 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  21.65 
 
 
691 aa  70.9  0.00000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 
721 aa  70.1  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.01 
 
 
614 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5752  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 
746 aa  70.1  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0523831  hitchhiker  0.0000000000276247 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.59 
 
 
614 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.01 
 
 
614 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2705  TonB-dependent siderophore receptor  21.63 
 
 
705 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.01 
 
 
614 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.28 
 
 
615 aa  69.7  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.65 
 
 
615 aa  69.7  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.01 
 
 
614 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.01 
 
 
631 aa  69.3  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 
614 aa  69.3  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  29.59 
 
 
737 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  21.89 
 
 
617 aa  69.7  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  26.98 
 
 
779 aa  68.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  28.95 
 
 
633 aa  69.3  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0607  TonB-dependent siderophore receptor  20.85 
 
 
706 aa  68.9  0.0000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.32 
 
 
614 aa  68.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  19.8 
 
 
683 aa  68.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.78 
 
 
623 aa  68.6  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.54 
 
 
631 aa  68.6  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.31 
 
 
631 aa  68.2  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  28.57 
 
 
628 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  25.75 
 
 
689 aa  67.8  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1878  TonB-dependent siderophore receptor  25.62 
 
 
722 aa  67.4  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  20.53 
 
 
700 aa  67.4  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.35 
 
 
614 aa  67.4  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.59 
 
 
614 aa  67.4  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.35 
 
 
614 aa  67.4  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.59 
 
 
614 aa  67.4  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.35 
 
 
614 aa  67.4  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  20.57 
 
 
782 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 
688 aa  67.4  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  25.22 
 
 
708 aa  67.4  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1926  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 
779 aa  66.6  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  22.46 
 
 
708 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3798  TonB-dependent siderophore receptor  27.35 
 
 
809 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1862  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 
773 aa  66.6  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.610045  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 
634 aa  65.5  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  21.42 
 
 
681 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.1 
 
 
630 aa  65.1  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  28.11 
 
 
617 aa  65.1  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.1 
 
 
630 aa  65.1  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  22.39 
 
 
708 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 
758 aa  64.7  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  20.9 
 
 
732 aa  65.1  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  27.95 
 
 
641 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  21.72 
 
 
853 aa  64.3  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>