More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1863 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  63.76 
 
 		 725 aa  949    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 781 aa  1624    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  59.79 
 
 		 708 aa  874    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  36.19 
 
 		 702 aa  462  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  36.3 
 
 		 735 aa  458  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  38.43 
 
 		 670 aa  441  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  35.42 
 
 		 684 aa  402  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1896  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  29.9 
 
 		 687 aa  299  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 711 aa  262  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 705 aa  257  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 705 aa  207  9e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 757 aa  196  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 702 aa  195  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 		 779 aa  144  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 687 aa  79.7  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  21.83 
 
 		 728 aa  80.1  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  34.46 
 
 		 614 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.46 
 
 		 614 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.46 
 
 		 614 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.46 
 
 		 614 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.78 
 
 		 614 aa  78.6  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.15 
 
 		 615 aa  78.2  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.46 
 
 		 614 aa  78.2  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.32 
 
 		 631 aa  77.8  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.13 
 
 		 615 aa  77.4  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 694 aa  77.4  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  22.51 
 
 		 704 aa  77  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 686 aa  76.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.51 
 
 		 631 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.17 
 
 		 623 aa  74.7  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 709 aa  74.7  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  21.97 
 
 		 713 aa  74.3  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  20.93 
 
 		 700 aa  74.3  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  21.18 
 
 		 720 aa  74.3  0.000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  21.54 
 
 		 705 aa  74.3  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.54 
 
 		 630 aa  73.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.54 
 
 		 630 aa  73.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  21.1 
 
 		 828 aa  73.9  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  21.97 
 
 		 700 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 730 aa  72.4  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  32.5 
 
 		 628 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  22.37 
 
 		 809 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  22.37 
 
 		 809 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4827  TonB-dependent siderophore receptor  25.4 
 
 		 690 aa  71.6  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.32 
 
 		 631 aa  70.1  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  24.16 
 
 		 691 aa  69.7  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  22.24 
 
 		 809 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.41 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.41 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.41 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.41 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.41 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.78 
 
 		 631 aa  68.6  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 		 700 aa  67.8  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  22.63 
 
 		 690 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 		 700 aa  67.4  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 		 700 aa  67.4  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  21.35 
 
 		 700 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  21.35 
 
 		 700 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 		 700 aa  67.4  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  22.26 
 
 		 713 aa  66.2  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 764 aa  66.2  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 		 700 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 		 700 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 716 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  20.06 
 
 		 782 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  20.06 
 
 		 782 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  21.05 
 
 		 683 aa  65.5  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  27.84 
 
 		 627 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  28.57 
 
 		 623 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  28.88 
 
 		 628 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 634 aa  64.3  0.000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  31.58 
 
 		 633 aa  64.3  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 715 aa  64.3  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  31.68 
 
 		 769 aa  64.3  0.000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  21.13 
 
 		 740 aa  63.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  21.28 
 
 		 742 aa  63.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 641 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 611 aa  63.5  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1142  TonB-dependent receptor-related protein  31.53 
 
 		 650 aa  63.5  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.22175  normal  0.0805488 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1321  TonB-dependent receptor  35.77 
 
 		 724 aa  62.8  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  28.4 
 
 		 706 aa  62.4  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 619 aa  62.8  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  24.52 
 
 		 1023 aa  62.4  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4448  TonB-dependent receptor  21.8 
 
 		 678 aa  62.4  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.634501  normal  0.211596 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  31.85 
 
 		 611 aa  62  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  22.09 
 
 		 706 aa  62  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  21.52 
 
 		 688 aa  62  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  25.14 
 
 		 622 aa  61.6  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 757 aa  61.6  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 721 aa  61.2  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  32.06 
 
 		 729 aa  60.8  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 719 aa  60.1  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  25.57 
 
 		 720 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  32.06 
 
 		 861 aa  60.1  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  20.78 
 
 		 640 aa  60.1  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 637 aa  60.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0747  TonB-dependent receptor  21.77 
 
 		 683 aa  60.5  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.582563  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 698 aa  60.1  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 667 aa  60.8  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>