More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0721 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  100 
 
 
640 aa  1299    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.21 
 
 
634 aa  171  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  28.25 
 
 
638 aa  167  4e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25.89 
 
 
646 aa  167  5e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  26.65 
 
 
623 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 
642 aa  162  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  23.41 
 
 
617 aa  141  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  24.32 
 
 
634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25.2 
 
 
628 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  25.72 
 
 
690 aa  132  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 
632 aa  132  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 
647 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 
640 aa  130  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  25.94 
 
 
673 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 
641 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  24.71 
 
 
619 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  27.13 
 
 
611 aa  129  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  23.47 
 
 
616 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  23.1 
 
 
662 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  25.38 
 
 
680 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 
614 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  23.79 
 
 
656 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  25.52 
 
 
617 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  22.99 
 
 
633 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  25.93 
 
 
655 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 
714 aa  111  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  23.02 
 
 
618 aa  109  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  24.52 
 
 
615 aa  110  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1142  TonB-dependent receptor-related protein  23.08 
 
 
650 aa  106  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.22175  normal  0.0805488 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 
593 aa  105  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  23.27 
 
 
622 aa  104  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  34.07 
 
 
613 aa  104  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 
682 aa  99.8  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  33.51 
 
 
624 aa  100  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  35.21 
 
 
692 aa  99.4  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  35.85 
 
 
613 aa  98.6  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 
613 aa  98.2  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
627 aa  97.8  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  35.08 
 
 
637 aa  97.4  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  38.31 
 
 
649 aa  97.1  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  33.71 
 
 
627 aa  96.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  25.05 
 
 
623 aa  94.7  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  22.19 
 
 
861 aa  95.1  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.59 
 
 
615 aa  94.7  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  41.18 
 
 
613 aa  94.4  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 
624 aa  94.4  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  40 
 
 
671 aa  94.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  24.27 
 
 
614 aa  94  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 
681 aa  93.6  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  22.69 
 
 
661 aa  93.2  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  24.4 
 
 
656 aa  93.2  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 
638 aa  92.4  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1001  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 
628 aa  92.8  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.11298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 
602 aa  92.4  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  35.76 
 
 
624 aa  92.4  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  32.94 
 
 
670 aa  91.7  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  24.3 
 
 
638 aa  91.7  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  36.02 
 
 
631 aa  90.5  8e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  35.15 
 
 
645 aa  90.1  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  34.78 
 
 
695 aa  90.1  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.53 
 
 
614 aa  89  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  40.77 
 
 
628 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  22.11 
 
 
621 aa  89  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.53 
 
 
614 aa  87.8  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.53 
 
 
614 aa  87.8  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.53 
 
 
614 aa  87.8  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  34.38 
 
 
611 aa  88.2  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  34.57 
 
 
619 aa  87.8  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.85 
 
 
696 aa  87.8  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.53 
 
 
614 aa  87.8  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  39.23 
 
 
659 aa  87.8  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.33 
 
 
696 aa  87.8  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  40.5 
 
 
698 aa  87.4  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.93 
 
 
614 aa  87.4  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  40.27 
 
 
612 aa  87.4  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.3 
 
 
695 aa  87.4  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.41 
 
 
630 aa  86.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.41 
 
 
630 aa  86.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  23.73 
 
 
653 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1206  putative TonB-dependent receptor  25.54 
 
 
688 aa  86.7  0.000000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.82 
 
 
631 aa  85.9  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 
737 aa  86.3  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 
642 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 
653 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1115  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 
649 aa  85.9  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.95294  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.25 
 
 
615 aa  85.5  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  37.5 
 
 
614 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  37.5 
 
 
614 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 
642 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  37.5 
 
 
614 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 
626 aa  85.1  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  37.5 
 
 
614 aa  85.1  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 
651 aa  85.1  0.000000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 
627 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 
649 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  37.5 
 
 
614 aa  85.1  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 
626 aa  84.7  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  22.08 
 
 
647 aa  84  0.000000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  24.66 
 
 
635 aa  84.3  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 
661 aa  84  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>