More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1366 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  99.47 
 
 		 377 aa  765    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  99.73 
 
 		 377 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 377 aa  770    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 377 aa  770    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 377 aa  770    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  55.39 
 
 		 418 aa  368  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  55.62 
 
 		 376 aa  348  8e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  47.72 
 
 		 374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  47.72 
 
 		 374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  47.5 
 
 		 377 aa  311  1e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  47.27 
 
 		 355 aa  297  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  45.9 
 
 		 374 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  42.99 
 
 		 374 aa  269  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  41.94 
 
 		 374 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  42.65 
 
 		 374 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  41.79 
 
 		 374 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  48.42 
 
 		 376 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  46.18 
 
 		 375 aa  260  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  47.57 
 
 		 376 aa  259  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  43.05 
 
 		 362 aa  255  8e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  42.9 
 
 		 386 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  41.52 
 
 		 377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  40.07 
 
 		 400 aa  237  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  38.87 
 
 		 373 aa  233  5e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  35.92 
 
 		 349 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  40.2 
 
 		 344 aa  177  3e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 		 343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 		 343 aa  163  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  35.07 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  36.76 
 
 		 340 aa  155  9e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  36.76 
 
 		 342 aa  152  8.999999999999999e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  38.24 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  38.24 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 343 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  30.91 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  32.3 
 
 		 380 aa  129  8.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  30.06 
 
 		 400 aa  125  9e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  24.11 
 
 		 381 aa  120  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 		 356 aa  116  7.999999999999999e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 371 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  28.64 
 
 		 467 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  29.36 
 
 		 352 aa  110  6e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  26.73 
 
 		 543 aa  109  9.000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  26.78 
 
 		 354 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  27.34 
 
 		 433 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 433 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 431 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  26.49 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  25.59 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 569 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  29.07 
 
 		 362 aa  106  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  27.09 
 
 		 351 aa  106  9e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.56 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  28.78 
 
 		 633 aa  104  2e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  27.56 
 
 		 383 aa  104  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  30.81 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  25.75 
 
 		 391 aa  103  6e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 562 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  26.62 
 
 		 413 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  33.16 
 
 		 378 aa  100  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  27.53 
 
 		 682 aa  100  4e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  32.62 
 
 		 378 aa  99.8  7e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  32.04 
 
 		 662 aa  99.4  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 351 aa  97.4  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 377 aa  97.1  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  29.55 
 
 		 567 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  35.88 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  26.06 
 
 		 363 aa  95.1  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  29.59 
 
 		 627 aa  94.7  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  25.66 
 
 		 365 aa  94  3e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  26.76 
 
 		 343 aa  92.8  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  28.81 
 
 		 266 aa  92.4  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  26.32 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  26.76 
 
 		 343 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  28.72 
 
 		 627 aa  91.3  2e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  25.82 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  26.32 
 
 		 343 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  26.32 
 
 		 343 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  26.65 
 
 		 424 aa  90.9  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  26.47 
 
 		 534 aa  91.3  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  25.64 
 
 		 269 aa  90.1  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  24.08 
 
 		 360 aa  90.1  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0970  small-conductance mechanosensitive ion channel  23.69 
 
 		 650 aa  90.1  6e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371389 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 		 456 aa  90.1  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  25.93 
 
 		 624 aa  89.7  8e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  28.38 
 
 		 627 aa  89.7  8e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1076  MscS mechanosensitive ion channel  26.75 
 
 		 378 aa  88.6  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119695  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 		 345 aa  88.6  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  23.77 
 
 		 570 aa  86.7  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  27.68 
 
 		 624 aa  86.3  7e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2755  MscS mechanosensitive ion channel:conserved TM helix  29.03 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661967 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  24.16 
 
 		 533 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  25.62 
 
 		 367 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  29.61 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  27.08 
 
 		 614 aa  83.6  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>