More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0905 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 373 aa  746    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  48.46 
 
 		 400 aa  334  2e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  49.25 
 
 		 377 aa  318  7e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  45.81 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  45.81 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  45.54 
 
 		 377 aa  285  9e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  46.2 
 
 		 362 aa  285  9e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  40.85 
 
 		 374 aa  275  7e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  46.23 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  39.94 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  46.56 
 
 		 374 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  47.21 
 
 		 374 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  47.91 
 
 		 375 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  44.41 
 
 		 355 aa  270  2e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  46.39 
 
 		 376 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  47.46 
 
 		 386 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  46.05 
 
 		 376 aa  251  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  41.07 
 
 		 418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  40.18 
 
 		 349 aa  239  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  38.87 
 
 		 377 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  38.87 
 
 		 377 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  38.87 
 
 		 377 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  38.87 
 
 		 377 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  53.92 
 
 		 376 aa  232  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  40.89 
 
 		 377 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  40.54 
 
 		 392 aa  209  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  35.28 
 
 		 343 aa  205  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  37.07 
 
 		 344 aa  202  7e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  34.48 
 
 		 338 aa  197  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  34.06 
 
 		 338 aa  196  5.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  42.03 
 
 		 342 aa  192  6e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  44.71 
 
 		 343 aa  189  7e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  44.39 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  37.26 
 
 		 400 aa  184  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  44.39 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  44.39 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  39.81 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  40.72 
 
 		 426 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  27.2 
 
 		 380 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  27.73 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 		 381 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  32.16 
 
 		 467 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  29.56 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  37 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 351 aa  134  3e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  28.11 
 
 		 356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 375 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 362 aa  126  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  29.25 
 
 		 351 aa  124  4e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 360 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  36.02 
 
 		 371 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  27.7 
 
 		 484 aa  123  6e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  27.73 
 
 		 359 aa  122  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  27.32 
 
 		 384 aa  119  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  32.08 
 
 		 662 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  27.19 
 
 		 456 aa  117  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  34.68 
 
 		 383 aa  116  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  34.68 
 
 		 383 aa  116  5e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  30.2 
 
 		 369 aa  116  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  28.69 
 
 		 373 aa  115  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  33.51 
 
 		 363 aa  115  8.999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  28.01 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  29.21 
 
 		 369 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 433 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  29.85 
 
 		 433 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  27.94 
 
 		 431 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  26.82 
 
 		 367 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 		 276 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  28.62 
 
 		 391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  29.61 
 
 		 399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  27.61 
 
 		 388 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  29.56 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  30 
 
 		 269 aa  111  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 377 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  29.46 
 
 		 567 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 		 569 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  26.42 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 345 aa  109  6e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 376 aa  109  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  29.6 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  29.6 
 
 		 343 aa  109  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  29.6 
 
 		 343 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  29.6 
 
 		 343 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  27.35 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  27.35 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  27.35 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  32.11 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  30.66 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  27.35 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  29.6 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  27.16 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.35 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  27.35 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  31.92 
 
 		 547 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  27.35 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  27.35 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  28.5 
 
 		 614 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>