More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4048 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  84.55 
 
 		 562 aa  945    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 569 aa  1144    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  70.88 
 
 		 567 aa  814    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  41.67 
 
 		 590 aa  385  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 570 aa  305  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0970  small-conductance mechanosensitive ion channel  32.01 
 
 		 650 aa  283  6.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371389 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1446  MscS mechanosensitive ion channel  31.81 
 
 		 648 aa  282  1e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.770596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  33.08 
 
 		 533 aa  266  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  29.53 
 
 		 534 aa  241  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2145  MscS mechanosensitive ion channel  33.88 
 
 		 537 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000018711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  45.45 
 
 		 467 aa  187  4e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 431 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  44.04 
 
 		 433 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  44.04 
 
 		 433 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0969  mechanosensitive ion channel family protein  30.47 
 
 		 554 aa  184  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  33.95 
 
 		 380 aa  176  9e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  32.6 
 
 		 614 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 240 aa  169  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  35.8 
 
 		 356 aa  150  8e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  26.89 
 
 		 633 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  26.94 
 
 		 662 aa  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  37.61 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  24.93 
 
 		 624 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 351 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  32.84 
 
 		 362 aa  134  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  34.16 
 
 		 369 aa  131  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  29.39 
 
 		 682 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  36.24 
 
 		 352 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  38.07 
 
 		 351 aa  130  7.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 426 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 		 413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 375 aa  127  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 384 aa  127  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 354 aa  126  9e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  36.99 
 
 		 377 aa  123  9e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  24.59 
 
 		 627 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  34.43 
 
 		 375 aa  121  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  24.32 
 
 		 627 aa  120  4.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 376 aa  120  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  27.19 
 
 		 388 aa  120  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  40.41 
 
 		 456 aa  120  9e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  28.57 
 
 		 373 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  27.05 
 
 		 391 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  26.53 
 
 		 627 aa  117  6.9999999999999995e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  26.36 
 
 		 400 aa  116  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 362 aa  116  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  28.9 
 
 		 374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  28.9 
 
 		 374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01088  hypothetical protein  38.96 
 
 		 166 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  25.46 
 
 		 383 aa  114  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 392 aa  114  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  32.47 
 
 		 418 aa  114  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  25.46 
 
 		 383 aa  114  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  29.6 
 
 		 380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  27.54 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  30.88 
 
 		 355 aa  111  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 		 373 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 		 374 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  31.43 
 
 		 374 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  30.24 
 
 		 374 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  30.24 
 
 		 374 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  31.3 
 
 		 374 aa  110  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  26.29 
 
 		 400 aa  109  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  29.13 
 
 		 377 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  24.29 
 
 		 543 aa  108  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  32.2 
 
 		 386 aa  107  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 377 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 377 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 377 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 377 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  28.09 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 377 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  25.47 
 
 		 624 aa  105  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  27.98 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  28.09 
 
 		 343 aa  104  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  27.98 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  27.98 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  27.98 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  27.98 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  27.98 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  27.98 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  27.98 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  28.9 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.98 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  28.9 
 
 		 343 aa  104  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  28.44 
 
 		 343 aa  104  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  28.79 
 
 		 349 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  30.81 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  26.38 
 
 		 424 aa  102  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  32.37 
 
 		 376 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  32.37 
 
 		 376 aa  102  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  29.55 
 
 		 378 aa  101  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  29.55 
 
 		 378 aa  102  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  30.33 
 
 		 377 aa  101  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  34.12 
 
 		 283 aa  100  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  30.24 
 
 		 341 aa  99.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  29.34 
 
 		 342 aa  99.8  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  25.33 
 
 		 360 aa  99.8  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  32.02 
 
 		 400 aa  97.1  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>