More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1504 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  100 
 
 		 624 aa  1247    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  54.34 
 
 		 627 aa  623  1e-177  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  53.38 
 
 		 627 aa  615  1e-175  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  53.54 
 
 		 627 aa  615  1e-175  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  43.3 
 
 		 633 aa  466  9.999999999999999e-131  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  42.93 
 
 		 682 aa  459  9.999999999999999e-129  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  42.53 
 
 		 624 aa  430  1e-119  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  32.73 
 
 		 380 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 381 aa  181  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 356 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  29.76 
 
 		 662 aa  150  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  29.18 
 
 		 369 aa  147  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  34.68 
 
 		 343 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  34.68 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  34.68 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  34.68 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  34.68 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  34.68 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  34.68 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  34.68 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  34.68 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 413 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  24.93 
 
 		 569 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  28.23 
 
 		 384 aa  134  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  28.65 
 
 		 388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  32.11 
 
 		 391 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  30.89 
 
 		 380 aa  130  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  31.32 
 
 		 343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  23.53 
 
 		 567 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  31.32 
 
 		 343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  31.42 
 
 		 343 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  31.42 
 
 		 343 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  32.67 
 
 		 426 aa  128  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  31.03 
 
 		 343 aa  128  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  32.36 
 
 		 351 aa  126  1e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  32.73 
 
 		 351 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  30.64 
 
 		 456 aa  125  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  27.2 
 
 		 399 aa  125  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  25.7 
 
 		 433 aa  124  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  24.05 
 
 		 362 aa  123  9e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  29.18 
 
 		 373 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  29.69 
 
 		 354 aa  123  9.999999999999999e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  25.42 
 
 		 433 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  31.79 
 
 		 352 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  25.98 
 
 		 431 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  25.16 
 
 		 362 aa  121  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0460  putative mechanosensitive ion channel  26.28 
 
 		 357 aa  120  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  25.33 
 
 		 562 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  27.03 
 
 		 367 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  28.8 
 
 		 400 aa  119  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 614 aa  118  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  31.66 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  30.03 
 
 		 355 aa  117  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  28.21 
 
 		 363 aa  117  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  28.26 
 
 		 377 aa  117  7.999999999999999e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 467 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  29.76 
 
 		 534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  25.99 
 
 		 359 aa  114  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 377 aa  113  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  25.46 
 
 		 570 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 351 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  28.85 
 
 		 383 aa  111  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.85 
 
 		 383 aa  111  5e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2220  MscS Mechanosensitive ion channel  30.97 
 
 		 339 aa  109  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  28.3 
 
 		 543 aa  108  3e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 375 aa  108  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 		 374 aa  108  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 		 374 aa  108  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  22.92 
 
 		 590 aa  107  7e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  26.8 
 
 		 360 aa  107  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  25.87 
 
 		 342 aa  107  9e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  27.76 
 
 		 374 aa  106  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  27.61 
 
 		 362 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  27.2 
 
 		 377 aa  106  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  37.7 
 
 		 288 aa  105  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  26.26 
 
 		 813 aa  105  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  29.92 
 
 		 240 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  27.94 
 
 		 392 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  29.51 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  27.67 
 
 		 274 aa  103  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  29.24 
 
 		 378 aa  103  8e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  30.8 
 
 		 364 aa  103  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 		 305 aa  103  9e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  28.65 
 
 		 378 aa  103  9e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  27.35 
 
 		 374 aa  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 		 533 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  30.48 
 
 		 288 aa  101  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  27.37 
 
 		 795 aa  100  6e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  27.94 
 
 		 393 aa  100  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 344 aa  100  7e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 		 305 aa  100  7e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  28.17 
 
 		 275 aa  100  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  28.22 
 
 		 373 aa  100  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  26.45 
 
 		 365 aa  98.6  3e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 275 aa  98.2  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  26.86 
 
 		 532 aa  97.8  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 273 aa  97.8  6e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  25.07 
 
 		 424 aa  97.8  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  27.02 
 
 		 561 aa  97.4  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>