More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2145 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  63.6 
 
 		 533 aa  695    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2145  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 537 aa  1094    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000018711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  56.47 
 
 		 534 aa  619  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  68.78 
 
 		 240 aa  346  7e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1885  MscS mechanosensitive ion channel  54.3 
 
 		 296 aa  330  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0969  mechanosensitive ion channel family protein  37.05 
 
 		 554 aa  315  9.999999999999999e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  33.88 
 
 		 569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  33.13 
 
 		 567 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 		 562 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0970  small-conductance mechanosensitive ion channel  28.6 
 
 		 650 aa  194  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371389 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1446  MscS mechanosensitive ion channel  28.6 
 
 		 648 aa  191  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.770596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  26.33 
 
 		 570 aa  183  9.000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 590 aa  181  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  30.18 
 
 		 467 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 		 431 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 		 433 aa  141  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 		 433 aa  141  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  36.41 
 
 		 614 aa  140  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  26.64 
 
 		 543 aa  137  6.0000000000000005e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  34.36 
 
 		 380 aa  130  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 		 413 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  32.91 
 
 		 362 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  25.11 
 
 		 662 aa  124  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  31.79 
 
 		 381 aa  124  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  32.26 
 
 		 373 aa  124  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  29.5 
 
 		 369 aa  121  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  38.76 
 
 		 352 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  32 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  39.71 
 
 		 351 aa  118  3e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  40.2 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  38.54 
 
 		 682 aa  116  1.0000000000000001e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 375 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  29.6 
 
 		 354 aa  113  9e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  28.19 
 
 		 343 aa  110  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  26.67 
 
 		 633 aa  110  6e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  28.19 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  28.19 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  28.19 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 391 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  28.19 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  28.19 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.19 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  30.97 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  30.53 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  30.97 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  30.97 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  30.97 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  39.71 
 
 		 351 aa  107  6e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  28.82 
 
 		 624 aa  107  7e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  28.22 
 
 		 424 aa  106  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 384 aa  106  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0460  putative mechanosensitive ion channel  30.06 
 
 		 357 aa  102  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  27.82 
 
 		 383 aa  100  7e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.82 
 
 		 383 aa  100  8e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10518  MscS Mechanosensitive ion channel  23.53 
 
 		 591 aa  99.8  1e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526339  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 362 aa  99.4  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  31.07 
 
 		 378 aa  97.1  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  31.07 
 
 		 378 aa  97.1  8e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  26.61 
 
 		 362 aa  96.3  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  35.68 
 
 		 363 aa  95.9  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  30.38 
 
 		 365 aa  95.1  3e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  28.27 
 
 		 374 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  24.81 
 
 		 349 aa  94.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  27.47 
 
 		 624 aa  94.4  5e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  27.23 
 
 		 374 aa  94  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 406 aa  93.6  8e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  31.48 
 
 		 627 aa  92.8  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  25.5 
 
 		 362 aa  92.8  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  30.73 
 
 		 375 aa  93.2  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  31.48 
 
 		 627 aa  92.8  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  31.48 
 
 		 627 aa  92.8  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01088  hypothetical protein  38.76 
 
 		 166 aa  91.3  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  27.6 
 
 		 399 aa  91.3  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  25.91 
 
 		 367 aa  89.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  29.6 
 
 		 276 aa  89  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  30.72 
 
 		 377 aa  89  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 388 aa  88.2  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  22.42 
 
 		 374 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  28.72 
 
 		 364 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 380 aa  86.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  24.89 
 
 		 374 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  25.81 
 
 		 342 aa  86.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  22.54 
 
 		 374 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  24.61 
 
 		 400 aa  85.1  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  28.91 
 
 		 393 aa  85.5  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  26.15 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  27.22 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  27.66 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1411  MscS Mechanosensitive ion channel  28.28 
 
 		 373 aa  84  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  32.39 
 
 		 291 aa  82.8  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  28.04 
 
 		 338 aa  83.2  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>