More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2332 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  86.19 
 
 
362 aa  651    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
362 aa  736    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  60.17 
 
 
359 aa  449  1e-125  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  54.32 
 
 
360 aa  411  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  60.12 
 
 
364 aa  410  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  50.14 
 
 
369 aa  377  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  53.52 
 
 
366 aa  373  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1569  MscS mechanosensitive ion channel  34.85 
 
 
342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  30.17 
 
 
484 aa  159  5e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  28.28 
 
 
376 aa  145  9e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1464  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
338 aa  144  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  29.61 
 
 
299 aa  142  9e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 
351 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 
351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  28.31 
 
 
343 aa  140  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  29.28 
 
 
351 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  29.51 
 
 
298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  29.3 
 
 
361 aa  138  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 
636 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 
636 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  26.98 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 
408 aa  136  7.000000000000001e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  27.22 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  30.9 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  29.29 
 
 
345 aa  134  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  29.73 
 
 
366 aa  133  5e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 
338 aa  133  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  33.6 
 
 
275 aa  132  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  25.43 
 
 
381 aa  132  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 
373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 
295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2479  MscS Mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 
383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 
406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 
456 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  32.81 
 
 
460 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  32.42 
 
 
460 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  29.63 
 
 
351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  28.61 
 
 
375 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  34.63 
 
 
874 aa  129  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  28.57 
 
 
291 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  31.87 
 
 
322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 
389 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  30.38 
 
 
310 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  31.19 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 
451 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  26.93 
 
 
467 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 
400 aa  126  6e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  32 
 
 
840 aa  126  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 
385 aa  125  8.000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  28.53 
 
 
354 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  27.24 
 
 
307 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 
685 aa  125  8.000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  32.57 
 
 
450 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 
842 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  34.43 
 
 
288 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 
283 aa  125  1e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  30.81 
 
 
843 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2837  MscS Mechanosensitive ion channel  28.27 
 
 
366 aa  124  2e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.426677  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 
447 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 
322 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  32.33 
 
 
444 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 
291 aa  124  3e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  27.56 
 
 
352 aa  124  3e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  26.72 
 
 
289 aa  124  4e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  32.18 
 
 
450 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  32.38 
 
 
451 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  32.18 
 
 
449 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  32.18 
 
 
449 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  30.83 
 
 
304 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  32.18 
 
 
450 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  24.05 
 
 
624 aa  123  4e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  32.18 
 
 
450 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 
393 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  32.18 
 
 
450 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  34.39 
 
 
276 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  29.46 
 
 
414 aa  122  6e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  29.55 
 
 
447 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  31.9 
 
 
451 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  36.81 
 
 
420 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  25.62 
 
 
431 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 
291 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  31.1 
 
 
454 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  26.3 
 
 
356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  32.39 
 
 
352 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  33.49 
 
 
450 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 
832 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 
275 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 
472 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  35.64 
 
 
288 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  35.35 
 
 
1117 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  31.11 
 
 
268 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1210  MscS mechanosensitive ion channel  27.3 
 
 
344 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.224237  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0569  MscS Mechanosensitive ion channel  31.94 
 
 
280 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912877  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  32.02 
 
 
877 aa  119  7.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1042  MscS Mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 
310 aa  119  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  25.34 
 
 
433 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  31.28 
 
 
279 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  31.79 
 
 
859 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>