More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001221 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 		 367 aa  749    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  83.38 
 
 		 399 aa  624  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0460  putative mechanosensitive ion channel  61.71 
 
 		 357 aa  422  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  52.02 
 
 		 413 aa  336  5e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  48.73 
 
 		 384 aa  335  7.999999999999999e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  51.45 
 
 		 369 aa  332  6e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  46.61 
 
 		 373 aa  322  6e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  46.24 
 
 		 383 aa  310  2e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.27 
 
 		 383 aa  307  1.0000000000000001e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  55.6 
 
 		 343 aa  295  8e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  44.26 
 
 		 391 aa  295  9e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  55.6 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  55.6 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  55.6 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  55.6 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  55.6 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  55.6 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  55.6 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  55.6 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  56.03 
 
 		 343 aa  292  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  55.64 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  55.64 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  55.64 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  55.64 
 
 		 343 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  39.89 
 
 		 424 aa  272  6e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2220  MscS Mechanosensitive ion channel  46.52 
 
 		 339 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  36.49 
 
 		 381 aa  206  5e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  35.74 
 
 		 365 aa  202  9e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1076  MscS mechanosensitive ion channel  36.64 
 
 		 378 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119695  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  33.44 
 
 		 380 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2212  small mechanosensitive ion channel  36.27 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.414294  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27641  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  41.48 
 
 		 373 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  34.46 
 
 		 363 aa  164  3e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 400 aa  159  5e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04171  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  36.5 
 
 		 370 aa  156  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.610357 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  30.09 
 
 		 356 aa  150  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  28.53 
 
 		 682 aa  144  3e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0847  mechanosensitive ion channel family protein  31.76 
 
 		 337 aa  142  9.999999999999999e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0334937  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  30.19 
 
 		 633 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  30.28 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  27.1 
 
 		 388 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 377 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  28.42 
 
 		 624 aa  135  8e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  33.04 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  28 
 
 		 662 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  27.03 
 
 		 624 aa  134  3.9999999999999996e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  26.82 
 
 		 373 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  27.25 
 
 		 433 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  27 
 
 		 433 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  26.71 
 
 		 431 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 375 aa  124  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  29.94 
 
 		 362 aa  123  5e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 467 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  26.83 
 
 		 627 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  28.76 
 
 		 378 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  30.23 
 
 		 378 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 533 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  26.12 
 
 		 627 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  26.19 
 
 		 627 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  27.16 
 
 		 426 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  30.29 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 		 614 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  30.27 
 
 		 456 aa  109  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  25.36 
 
 		 567 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  24.86 
 
 		 400 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  26.37 
 
 		 569 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 		 351 aa  106  8e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  27.25 
 
 		 348 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 240 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  27.83 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  30.29 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  28.99 
 
 		 376 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  28.57 
 
 		 534 aa  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  30.29 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  25.96 
 
 		 484 aa  100  5e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  29.8 
 
 		 562 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  25.62 
 
 		 377 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  25.62 
 
 		 377 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  25.62 
 
 		 377 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  27.41 
 
 		 345 aa  99  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  24.32 
 
 		 355 aa  99.4  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  25.62 
 
 		 377 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  27.65 
 
 		 288 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 		 360 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  25.62 
 
 		 377 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  27.08 
 
 		 374 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  27.08 
 
 		 374 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  25.45 
 
 		 418 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  34.4 
 
 		 299 aa  97.4  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  26.22 
 
 		 806 aa  97.1  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  27.19 
 
 		 351 aa  96.7  6e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  23.88 
 
 		 377 aa  96.3  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  23.02 
 
 		 374 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  29.06 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>