More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1352 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 376 aa  755    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  59.15 
 
 		 418 aa  418  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  55.62 
 
 		 377 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  55.62 
 
 		 377 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  55.62 
 
 		 377 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  55.62 
 
 		 377 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  55.62 
 
 		 377 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  48.9 
 
 		 377 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  48.35 
 
 		 355 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  48.76 
 
 		 374 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  48.76 
 
 		 374 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  45.69 
 
 		 374 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  46.8 
 
 		 374 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  47.24 
 
 		 374 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  47.85 
 
 		 374 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  47.56 
 
 		 374 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  49.38 
 
 		 376 aa  281  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  47.9 
 
 		 375 aa  279  5e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  49.07 
 
 		 376 aa  278  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  47.1 
 
 		 362 aa  276  6e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  50.75 
 
 		 386 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  42.69 
 
 		 400 aa  257  3e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  44.18 
 
 		 377 aa  251  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  39.76 
 
 		 373 aa  238  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 349 aa  205  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  35.82 
 
 		 392 aa  182  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  31.79 
 
 		 344 aa  172  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 340 aa  166  4e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  31 
 
 		 343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  36.32 
 
 		 338 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  35.85 
 
 		 338 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  36.67 
 
 		 342 aa  157  4e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  35.41 
 
 		 343 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 343 aa  152  8e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  32.42 
 
 		 400 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  32.2 
 
 		 433 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 433 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 431 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  34.95 
 
 		 467 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  33.85 
 
 		 380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  31.12 
 
 		 375 aa  124  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 569 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 		 356 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  33.62 
 
 		 662 aa  116  6e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 562 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  32.56 
 
 		 426 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  30.56 
 
 		 377 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  27.82 
 
 		 362 aa  110  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  25.15 
 
 		 543 aa  110  6e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  29.76 
 
 		 269 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  26.79 
 
 		 682 aa  108  2e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  28.43 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  26.24 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  28.78 
 
 		 614 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  31.41 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  27.88 
 
 		 567 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  29.65 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  31.41 
 
 		 378 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  30.09 
 
 		 351 aa  103  7e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  30.56 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  25.62 
 
 		 383 aa  99.8  7e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  27.52 
 
 		 413 aa  99.8  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  25.21 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  25.62 
 
 		 383 aa  98.6  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  29.19 
 
 		 369 aa  97.4  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  26.21 
 
 		 633 aa  97.8  3e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  30.5 
 
 		 456 aa  97.4  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  27.89 
 
 		 624 aa  96.3  7e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  29.06 
 
 		 373 aa  95.1  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 		 270 aa  94.7  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  26.16 
 
 		 400 aa  94.7  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  29.47 
 
 		 351 aa  95.1  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2755  MscS mechanosensitive ion channel:conserved TM helix  29.86 
 
 		 276 aa  93.6  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661967 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  27.37 
 
 		 534 aa  93.6  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  27.35 
 
 		 292 aa  92.4  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  26.89 
 
 		 384 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 341 aa  92.4  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  27.53 
 
 		 424 aa  92  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 343 aa  91.7  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  28.86 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 283 aa  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  23.93 
 
 		 362 aa  91.3  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  30.64 
 
 		 288 aa  90.9  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  25.23 
 
 		 345 aa  90.5  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 391 aa  90.5  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  28.76 
 
 		 494 aa  90.9  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  27.04 
 
 		 343 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  26.95 
 
 		 354 aa  89.7  7e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  27.43 
 
 		 365 aa  89.7  7e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  24.78 
 
 		 590 aa  89.7  8e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 380 aa  89.7  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0970  small-conductance mechanosensitive ion channel  24.36 
 
 		 650 aa  89  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371389 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3394  MscS mechanosensitive ion channel  25.34 
 
 		 277 aa  88.6  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00053127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  25.85 
 
 		 627 aa  88.6  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.04 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  27.04 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  30.41 
 
 		 280 aa  88.6  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>