More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4819 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 392 aa  797    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  52.67 
 
 		 400 aa  348  1e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  45.38 
 
 		 371 aa  240  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  40.54 
 
 		 373 aa  209  6e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  34.81 
 
 		 362 aa  182  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  33.43 
 
 		 400 aa  181  2e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  34.99 
 
 		 376 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  34.33 
 
 		 374 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  36.33 
 
 		 375 aa  176  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  40.47 
 
 		 344 aa  176  9e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  35.56 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  33.65 
 
 		 374 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  35.4 
 
 		 377 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  38.84 
 
 		 355 aa  168  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 376 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  34.66 
 
 		 374 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  34.66 
 
 		 374 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  33.76 
 
 		 377 aa  166  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  35.74 
 
 		 386 aa  166  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  35.4 
 
 		 376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  32.59 
 
 		 374 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  32.59 
 
 		 374 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  35.07 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  35.07 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  35.07 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  35.07 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  35.19 
 
 		 377 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 		 349 aa  159  9e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  35.08 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  35.44 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  35.44 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  36.89 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  36.41 
 
 		 343 aa  143  6e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  35.92 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  34.08 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  35.92 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  35.92 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  33.65 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  34.51 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  34.07 
 
 		 351 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  33.18 
 
 		 380 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  31.17 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 381 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  34.51 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  31.86 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  30.92 
 
 		 426 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 431 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 569 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 467 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 433 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 433 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  32.63 
 
 		 356 aa  109  7.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 567 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  31.03 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  27.94 
 
 		 624 aa  105  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  28.88 
 
 		 354 aa  103  6e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 		 362 aa  103  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  25.55 
 
 		 627 aa  102  9e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  25.24 
 
 		 627 aa  100  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  25.24 
 
 		 627 aa  100  6e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  25.95 
 
 		 362 aa  99.4  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  28.76 
 
 		 562 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  29 
 
 		 369 aa  97.4  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  30.81 
 
 		 400 aa  95.5  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  28.79 
 
 		 391 aa  95.1  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  38.21 
 
 		 341 aa  94.7  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 384 aa  93.6  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  23.49 
 
 		 633 aa  92.8  8e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  25.34 
 
 		 543 aa  91.7  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  26.87 
 
 		 682 aa  91.3  3e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  30.41 
 
 		 590 aa  91.3  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  30.83 
 
 		 662 aa  91.3  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 862 aa  90.9  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  29.28 
 
 		 366 aa  90.5  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  28.92 
 
 		 373 aa  89.7  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  25.2 
 
 		 440 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  25.11 
 
 		 475 aa  89  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 369 aa  87.8  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  29.49 
 
 		 360 aa  86.3  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  24.81 
 
 		 299 aa  86.3  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  29.86 
 
 		 380 aa  85.5  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  30.41 
 
 		 456 aa  84.7  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 		 413 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  23.99 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  24.09 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  23.99 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  24.09 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  23.99 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  26.64 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
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NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  26.64 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  27.8 
 
 		 388 aa  83.2  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  25.58 
 
 		 283 aa  82.8  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
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NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  27.57 
 
 		 364 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  31.31 
 
 		 359 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  27.98 
 
 		 287 aa  82  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 276 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
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NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  29.53 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  23.68 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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