More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0691 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 362 aa  731    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  61.45 
 
 		 375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  55.81 
 
 		 376 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  52.94 
 
 		 374 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  55.52 
 
 		 376 aa  371  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  53.5 
 
 		 374 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  51.18 
 
 		 374 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  54.79 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  51.59 
 
 		 374 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  51.59 
 
 		 374 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  48.48 
 
 		 374 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  48.48 
 
 		 374 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  48.37 
 
 		 377 aa  322  7e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  44.08 
 
 		 355 aa  311  1e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  40.99 
 
 		 400 aa  286  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  45.62 
 
 		 373 aa  286  4e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  44.55 
 
 		 418 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  43.84 
 
 		 377 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  43.11 
 
 		 376 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  43.05 
 
 		 377 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  43.05 
 
 		 377 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  43.05 
 
 		 377 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  43.05 
 
 		 377 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  43 
 
 		 377 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  40.67 
 
 		 349 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  30.95 
 
 		 342 aa  193  3e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  41.83 
 
 		 344 aa  189  4e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  33.63 
 
 		 392 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  30.72 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  38.46 
 
 		 340 aa  180  4e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  30.41 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  38.73 
 
 		 338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  38.24 
 
 		 338 aa  172  6.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  34.9 
 
 		 400 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  37.02 
 
 		 343 aa  169  7e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  27.79 
 
 		 380 aa  155  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  30.79 
 
 		 356 aa  152  1e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  27.53 
 
 		 381 aa  149  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  32.95 
 
 		 426 aa  142  9e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  35.02 
 
 		 467 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  29.46 
 
 		 456 aa  132  6.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  28.45 
 
 		 431 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 		 371 aa  129  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  26.42 
 
 		 363 aa  129  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  28.92 
 
 		 377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 433 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 433 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  25.49 
 
 		 375 aa  126  5e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 662 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  26.45 
 
 		 400 aa  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  25.67 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  25.16 
 
 		 624 aa  120  3e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 		 388 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 569 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  26.21 
 
 		 351 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  26.6 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  31.43 
 
 		 341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  31.66 
 
 		 352 aa  112  7.000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  29.18 
 
 		 682 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  32.68 
 
 		 373 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  28.37 
 
 		 614 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 		 384 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 275 aa  109  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  29.59 
 
 		 562 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  26.84 
 
 		 633 aa  108  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  25.67 
 
 		 627 aa  107  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  23.53 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0306  small-conductance mechanosensitive channel  27.88 
 
 		 284 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000279081  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  28.93 
 
 		 380 aa  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  30.28 
 
 		 288 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  28.44 
 
 		 627 aa  106  6e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  28.44 
 
 		 627 aa  106  7e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 567 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 549 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  27.27 
 
 		 534 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  30.61 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 549 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  30.88 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  30.61 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  28.71 
 
 		 547 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  27.72 
 
 		 200 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 549 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  22.61 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  29.67 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  28.46 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  27.4 
 
 		 550 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  28.26 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  27.27 
 
 		 292 aa  103  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  28.4 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 551 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 551 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  30.24 
 
 		 534 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1801  MscS Mechanosensitive ion channel  27.45 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 270 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  25.97 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>