More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5290 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 371 aa  742    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  45.38 
 
 		 392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  42 
 
 		 400 aa  245  9e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  35.54 
 
 		 362 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  34.29 
 
 		 355 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  36.02 
 
 		 373 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  31.34 
 
 		 376 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  32.08 
 
 		 377 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 377 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 377 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  31.09 
 
 		 400 aa  140  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 377 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 377 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  28.61 
 
 		 377 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  31.8 
 
 		 374 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 		 374 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  31.66 
 
 		 374 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  30.75 
 
 		 376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 374 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
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NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 374 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  31.37 
 
 		 374 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  30.23 
 
 		 374 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 		 376 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  27.66 
 
 		 418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  35.75 
 
 		 344 aa  127  4.0000000000000003e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
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NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  29.27 
 
 		 377 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  34.22 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
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NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 		 362 aa  106  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  29.83 
 
 		 362 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  30.17 
 
 		 369 aa  94.4  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  28.08 
 
 		 366 aa  92.8  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  30.73 
 
 		 356 aa  92.4  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  29.79 
 
 		 400 aa  92  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  29.09 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  30.42 
 
 		 433 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  27.73 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  30.42 
 
 		 433 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  29.69 
 
 		 340 aa  91.3  3e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  32.56 
 
 		 431 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
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NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  37.41 
 
 		 543 aa  88.6  2e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  27.05 
 
 		 338 aa  87.8  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  39.5 
 
 		 341 aa  87.8  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 		 342 aa  87.4  4e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 352 aa  86.7  6e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 362 aa  86.7  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  26.57 
 
 		 338 aa  86.3  7e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  31.84 
 
 		 467 aa  86.3  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  28.88 
 
 		 351 aa  85.9  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0970  small-conductance mechanosensitive ion channel  26.3 
 
 		 650 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371389 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  28.99 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  25.55 
 
 		 426 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 351 aa  84  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  27.5 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  26.2 
 
 		 373 aa  83.6  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  29.49 
 
 		 614 aa  83.6  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  34.75 
 
 		 569 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  28.68 
 
 		 624 aa  83.2  0.000000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  26.44 
 
 		 380 aa  82.8  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 533 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 343 aa  82.4  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  24.73 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  30.1 
 
 		 633 aa  82  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  30.73 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  34.87 
 
 		 567 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  29.33 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  29.33 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  29.33 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  29.33 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  29.33 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  29.33 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  29.33 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  29.33 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  25.34 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  31.38 
 
 		 378 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  31.93 
 
 		 534 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 391 aa  79  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1446  MscS mechanosensitive ion channel  25.61 
 
 		 648 aa  79  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.770596  normal  1 
 
 
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NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  30.85 
 
 		 378 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  30.91 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
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NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  28.88 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  37.59 
 
 		 378 aa  78.2  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  29.27 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
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NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  35.94 
 
 		 414 aa  77  0.0000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  25.9 
 
 		 343 aa  76.6  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010814  Glov_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  26.16 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000332583  n/a   
 
 
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NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  38.69 
 
 		 682 aa  76.3  0.0000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
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NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  29.3 
 
 		 288 aa  75.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
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NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  40.16 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
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NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  23.43 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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