More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3061 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  100 
 
 		 291 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  99.65 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  99.65 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  99.65 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  99.3 
 
 		 286 aa  554  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  99.65 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  99.65 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  99.65 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  99.65 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  92.23 
 
 		 286 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  92.23 
 
 		 286 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  92.23 
 
 		 286 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  91.87 
 
 		 286 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  92.23 
 
 		 286 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  86.52 
 
 		 284 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  70.25 
 
 		 293 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  69.89 
 
 		 292 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  69.47 
 
 		 283 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  68.42 
 
 		 283 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  67.02 
 
 		 289 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  67.02 
 
 		 289 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  67.02 
 
 		 289 aa  385  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  69.18 
 
 		 288 aa  368  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  54.45 
 
 		 285 aa  305  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  54.45 
 
 		 285 aa  305  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  54.09 
 
 		 285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  53.74 
 
 		 285 aa  301  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  50.54 
 
 		 288 aa  299  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  47.84 
 
 		 287 aa  287  2e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  50.38 
 
 		 286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  47.48 
 
 		 288 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  51.53 
 
 		 291 aa  280  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  48.09 
 
 		 275 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  48.47 
 
 		 275 aa  258  7e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  48.85 
 
 		 275 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  48.85 
 
 		 275 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  48.69 
 
 		 275 aa  255  6e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  48.47 
 
 		 275 aa  255  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  45.28 
 
 		 269 aa  255  8e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  47.47 
 
 		 274 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  44 
 
 		 270 aa  249  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  45.69 
 
 		 277 aa  248  6e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  45.91 
 
 		 274 aa  248  7e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  48.09 
 
 		 275 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  48.09 
 
 		 275 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  48.09 
 
 		 275 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  48.09 
 
 		 275 aa  245  6e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  48.25 
 
 		 274 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  45.42 
 
 		 276 aa  244  9e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  45.53 
 
 		 274 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  43.68 
 
 		 280 aa  241  7e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  44.16 
 
 		 277 aa  240  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  44.02 
 
 		 275 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 		 275 aa  237  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  41.11 
 
 		 270 aa  229  4e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  43.58 
 
 		 276 aa  225  6e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  38.6 
 
 		 274 aa  216  4e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  41.31 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  40.49 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  42.25 
 
 		 268 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  40 
 
 		 275 aa  212  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  41.31 
 
 		 276 aa  211  9e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  40.45 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  44.32 
 
 		 279 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  41.67 
 
 		 268 aa  208  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  37.91 
 
 		 275 aa  205  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  40.59 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  38.81 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  37.3 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  39.61 
 
 		 275 aa  199  5e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  42.06 
 
 		 276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  41.74 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  38.49 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  34.51 
 
 		 273 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  37.74 
 
 		 271 aa  194  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  37.5 
 
 		 279 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  39.69 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  44.81 
 
 		 283 aa  193  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  36.11 
 
 		 274 aa  192  4e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1966  hypothetical protein  39.24 
 
 		 268 aa  190  2e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  37.07 
 
 		 277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  39.53 
 
 		 278 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  36.73 
 
 		 270 aa  188  8e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  36.44 
 
 		 544 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  34.46 
 
 		 533 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  34.72 
 
 		 531 aa  185  9e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  35.04 
 
 		 283 aa  183  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  33.7 
 
 		 273 aa  183  4.0000000000000006e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  39.06 
 
 		 266 aa  182  8.000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  37.05 
 
 		 322 aa  181  9.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  32.49 
 
 		 563 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  32.37 
 
 		 538 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 		 561 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  36.86 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  34.65 
 
 		 291 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  38.69 
 
 		 284 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  33.46 
 
 		 534 aa  177  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  33.09 
 
 		 532 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  36.48 
 
 		 540 aa  175  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>