More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3360 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  100 
 
 		 374 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  98.93 
 
 		 374 aa  740    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  87.97 
 
 		 374 aa  639    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  67.97 
 
 		 374 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  64.69 
 
 		 374 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  59.87 
 
 		 376 aa  360  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  53.56 
 
 		 362 aa  360  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  53.12 
 
 		 386 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  59.2 
 
 		 376 aa  353  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  57.19 
 
 		 375 aa  349  6e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  47.11 
 
 		 377 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  50.95 
 
 		 374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  50.95 
 
 		 374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  44.7 
 
 		 355 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  47.56 
 
 		 376 aa  296  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  43.86 
 
 		 400 aa  295  7e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  44.98 
 
 		 418 aa  283  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  46.23 
 
 		 373 aa  279  7e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  45.9 
 
 		 377 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  42.65 
 
 		 377 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  42.65 
 
 		 377 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  42.65 
 
 		 377 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  42.65 
 
 		 377 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  45.81 
 
 		 377 aa  272  7e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  37.54 
 
 		 349 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  39.42 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  33.96 
 
 		 392 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 		 342 aa  166  8e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  36.23 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  35.41 
 
 		 343 aa  159  8e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  36.1 
 
 		 338 aa  156  6e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 		 343 aa  149  9e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 400 aa  143  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  35.68 
 
 		 352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  36.18 
 
 		 351 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  36.02 
 
 		 426 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  35.05 
 
 		 351 aa  123  7e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  30.37 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  30.81 
 
 		 375 aa  119  7.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  32.4 
 
 		 371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  29.74 
 
 		 380 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  27.99 
 
 		 662 aa  112  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  31.77 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 467 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  30.24 
 
 		 569 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  27.41 
 
 		 433 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  26.39 
 
 		 433 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  30.16 
 
 		 562 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  27.56 
 
 		 431 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  27.65 
 
 		 682 aa  103  7e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  32.58 
 
 		 378 aa  103  7e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  27.93 
 
 		 567 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  32.02 
 
 		 378 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  28.88 
 
 		 534 aa  100  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  31.66 
 
 		 456 aa  97.4  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  26.52 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  37.78 
 
 		 633 aa  97.1  5e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  23.98 
 
 		 377 aa  96.7  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  30 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  24.59 
 
 		 380 aa  96.3  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 		 362 aa  96.3  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  28.88 
 
 		 269 aa  95.9  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  26.09 
 
 		 624 aa  95.5  1e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  26.58 
 
 		 384 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  36.72 
 
 		 341 aa  95.1  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  24.44 
 
 		 388 aa  94.7  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  25.55 
 
 		 378 aa  94.4  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  28.76 
 
 		 344 aa  94  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  26.69 
 
 		 543 aa  93.2  6e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  25.5 
 
 		 359 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 274 aa  92.4  1e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  27.34 
 
 		 270 aa  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  27.19 
 
 		 240 aa  90.5  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  29.02 
 
 		 286 aa  90.1  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  28.27 
 
 		 363 aa  90.1  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2755  MscS mechanosensitive ion channel:conserved TM helix  28.36 
 
 		 276 aa  89.7  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661967 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  28.86 
 
 		 283 aa  89.7  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  29.13 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  24.56 
 
 		 627 aa  89.4  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  24.56 
 
 		 627 aa  89  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  24.56 
 
 		 627 aa  89.4  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  29.13 
 
 		 286 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  29.13 
 
 		 286 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  29.13 
 
 		 286 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3394  MscS mechanosensitive ion channel  26.42 
 
 		 277 aa  88.6  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00053127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  26.24 
 
 		 533 aa  88.6  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  29.13 
 
 		 286 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  26.82 
 
 		 383 aa  88.6  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  29.13 
 
 		 286 aa  88.6  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  26.82 
 
 		 383 aa  88.2  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  29.13 
 
 		 286 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  29.11 
 
 		 275 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>