More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4194 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 562 aa  1124    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  84.55 
 
 		 569 aa  943    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  72.04 
 
 		 567 aa  801    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  41.62 
 
 		 590 aa  396  1e-109  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  32.32 
 
 		 570 aa  295  2e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0970  small-conductance mechanosensitive ion channel  32.7 
 
 		 650 aa  280  7e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371389 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1446  MscS mechanosensitive ion channel  32.99 
 
 		 648 aa  274  4.0000000000000004e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.770596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  32.77 
 
 		 533 aa  256  6e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  30.97 
 
 		 534 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2145  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 		 537 aa  211  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000018711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  43.45 
 
 		 467 aa  201  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  43.95 
 
 		 433 aa  190  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  44.39 
 
 		 431 aa  190  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  43.95 
 
 		 433 aa  190  7e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  34.25 
 
 		 614 aa  189  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0969  mechanosensitive ion channel family protein  31.48 
 
 		 554 aa  183  7e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  37.29 
 
 		 381 aa  182  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  37.23 
 
 		 380 aa  179  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  40.4 
 
 		 240 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  35.92 
 
 		 356 aa  151  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 662 aa  143  8e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 351 aa  137  5e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 351 aa  136  9e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  35.45 
 
 		 351 aa  136  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 		 362 aa  135  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  29.93 
 
 		 633 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  35.65 
 
 		 352 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  29.9 
 
 		 426 aa  131  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 375 aa  131  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  25.33 
 
 		 624 aa  130  8.000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  28.77 
 
 		 682 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  32.24 
 
 		 369 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 		 388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 413 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 354 aa  126  1e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  37.06 
 
 		 377 aa  126  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  31.67 
 
 		 375 aa  124  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 400 aa  122  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  31.88 
 
 		 374 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  38.66 
 
 		 456 aa  120  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01088  hypothetical protein  40.43 
 
 		 166 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  32.16 
 
 		 374 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 384 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  27.44 
 
 		 373 aa  117  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  30.65 
 
 		 380 aa  117  5e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  29.15 
 
 		 418 aa  116  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  24.92 
 
 		 627 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  26.12 
 
 		 627 aa  114  4.0000000000000004e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  28.9 
 
 		 391 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  26.12 
 
 		 627 aa  114  4.0000000000000004e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 376 aa  114  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  28.9 
 
 		 362 aa  112  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  31.1 
 
 		 344 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  27.22 
 
 		 363 aa  112  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  23.1 
 
 		 624 aa  111  4.0000000000000004e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  30.4 
 
 		 383 aa  111  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 		 383 aa  111  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  30.18 
 
 		 373 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  27.04 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 400 aa  109  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  30.21 
 
 		 374 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  30.21 
 
 		 374 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  27.04 
 
 		 343 aa  107  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  27.04 
 
 		 343 aa  107  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  27.83 
 
 		 374 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.04 
 
 		 343 aa  107  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  27.04 
 
 		 343 aa  107  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  27.83 
 
 		 374 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  27.04 
 
 		 343 aa  107  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  27.04 
 
 		 343 aa  107  6e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  27.04 
 
 		 343 aa  107  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  27.04 
 
 		 343 aa  107  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 377 aa  107  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  28.64 
 
 		 343 aa  106  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  28.64 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  28.5 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  27.9 
 
 		 377 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  28.97 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  28.97 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  24.36 
 
 		 360 aa  104  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  26.95 
 
 		 341 aa  104  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  28.79 
 
 		 349 aa  104  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 		 400 aa  103  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 		 376 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 377 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 377 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 377 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 377 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  28.34 
 
 		 378 aa  102  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 		 376 aa  102  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 377 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  28.34 
 
 		 378 aa  101  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  28.76 
 
 		 392 aa  100  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  25.52 
 
 		 543 aa  99  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  31.55 
 
 		 342 aa  98.6  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  30.58 
 
 		 343 aa  97.8  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  25.58 
 
 		 424 aa  95.9  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>