187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01088 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01088  hypothetical protein  100 
 
 		 166 aa  337  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  40.43 
 
 		 562 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  40.29 
 
 		 567 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  38.96 
 
 		 569 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  37.59 
 
 		 614 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  38.73 
 
 		 590 aa  104  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  36.3 
 
 		 433 aa  103  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  36.3 
 
 		 433 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  35.86 
 
 		 431 aa  102  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  38.69 
 
 		 351 aa  102  3e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  38.69 
 
 		 351 aa  102  3e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  37.96 
 
 		 351 aa  100  7e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  34.67 
 
 		 467 aa  99.4  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  38.3 
 
 		 352 aa  96.7  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2145  MscS mechanosensitive ion channel  38.76 
 
 		 537 aa  91.3  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000018711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  39.06 
 
 		 534 aa  91.3  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  36.72 
 
 		 533 aa  90.9  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  37.12 
 
 		 240 aa  88.6  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 		 377 aa  85.9  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  31.65 
 
 		 381 aa  84.7  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  34.06 
 
 		 356 aa  84.7  6e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  31.88 
 
 		 363 aa  84.3  7e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  32.62 
 
 		 388 aa  84.3  7e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  34.06 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 400 aa  83.2  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2212  small mechanosensitive ion channel  33.8 
 
 		 357 aa  81.3  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.414294  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  33.8 
 
 		 426 aa  80.5  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  32.43 
 
 		 380 aa  80.5  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  30.2 
 
 		 342 aa  78.2  0.00000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0969  mechanosensitive ion channel family protein  34.86 
 
 		 554 aa  77.8  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  31.79 
 
 		 391 aa  75.9  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  32.87 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  29.71 
 
 		 362 aa  75.5  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  29.56 
 
 		 373 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  28.78 
 
 		 362 aa  74.7  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27641  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  32.86 
 
 		 373 aa  73.2  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 354 aa  71.6  0.000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  31.97 
 
 		 343 aa  70.9  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  30.2 
 
 		 373 aa  70.9  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  32.65 
 
 		 343 aa  70.5  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  31.97 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  31.97 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  31.97 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2220  MscS Mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 339 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 340 aa  68.6  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  32.37 
 
 		 413 aa  67.8  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 377 aa  67.4  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  32.84 
 
 		 365 aa  67.4  0.00000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  28.26 
 
 		 456 aa  66.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  30.14 
 
 		 343 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  30.14 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  30.14 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  27.92 
 
 		 374 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  30.14 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  30.14 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  30.14 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  30.14 
 
 		 343 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  27.27 
 
 		 374 aa  63.9  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  28.28 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 		 424 aa  63.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  27.4 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  27.4 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  28.06 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  28.78 
 
 		 343 aa  62.8  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  23.57 
 
 		 662 aa  62.4  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 338 aa  61.6  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 		 343 aa  61.6  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  30.22 
 
 		 383 aa  61.6  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 		 343 aa  61.6  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  30.22 
 
 		 383 aa  61.2  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  29.58 
 
 		 376 aa  60.8  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  27.86 
 
 		 400 aa  60.8  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  29.58 
 
 		 376 aa  60.8  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04171  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  26.47 
 
 		 370 aa  60.8  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.610357 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 376 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  25.14 
 
 		 633 aa  60.5  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 570 aa  59.3  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  22.29 
 
 		 682 aa  58.5  0.00000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0460  putative mechanosensitive ion channel  31.39 
 
 		 357 aa  58.2  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  24.24 
 
 		 349 aa  57.4  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  26.87 
 
 		 375 aa  56.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  29.45 
 
 		 399 aa  56.6  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  35.24 
 
 		 840 aa  55.5  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 		 343 aa  55.5  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  25.16 
 
 		 377 aa  54.7  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  21.58 
 
 		 400 aa  54.3  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 		 343 aa  54.3  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  26.39 
 
 		 344 aa  54.3  0.0000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  26.06 
 
 		 355 aa  53.9  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  26.14 
 
 		 624 aa  53.9  0.0000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  23.53 
 
 		 418 aa  53.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0569  MscS Mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 		 280 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912877  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  23.6 
 
 		 624 aa  52  0.000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  29.14 
 
 		 796 aa  51.6  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  28.97 
 
 		 367 aa  51.6  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  24.11 
 
 		 392 aa  51.6  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  24.16 
 
 		 560 aa  51.2  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>