More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0460 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0460  putative mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 357 aa  714    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  61.71 
 
 		 367 aa  425  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  61.08 
 
 		 399 aa  418  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  49.42 
 
 		 373 aa  343  2e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  49.01 
 
 		 413 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  49.15 
 
 		 369 aa  333  3e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  47.51 
 
 		 384 aa  317  3e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  46.63 
 
 		 391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  45.43 
 
 		 383 aa  287  2e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.05 
 
 		 383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  53.08 
 
 		 343 aa  280  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  53.08 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  53.08 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  53.08 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  53.08 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  53.08 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  53.08 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  53.08 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  53.08 
 
 		 343 aa  278  7e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  56.54 
 
 		 343 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  56.12 
 
 		 343 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  56.12 
 
 		 343 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  56.25 
 
 		 343 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  56.25 
 
 		 343 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  39.01 
 
 		 424 aa  262  4.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  36.01 
 
 		 365 aa  217  2e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2220  MscS Mechanosensitive ion channel  45.89 
 
 		 339 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1076  MscS mechanosensitive ion channel  38.69 
 
 		 378 aa  205  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119695  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  36.62 
 
 		 381 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27641  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  42.99 
 
 		 373 aa  183  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  43.32 
 
 		 380 aa  182  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2212  small mechanosensitive ion channel  37.82 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.414294  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04171  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  36.67 
 
 		 370 aa  168  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.610357 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  32.82 
 
 		 400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  34.73 
 
 		 363 aa  162  6e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  31.99 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  31.77 
 
 		 662 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  35.89 
 
 		 682 aa  152  1e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  29.46 
 
 		 380 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 388 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  37.07 
 
 		 624 aa  146  6e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  33.54 
 
 		 377 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  31.27 
 
 		 633 aa  145  8.000000000000001e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  26.28 
 
 		 624 aa  136  5e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  31 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  34.69 
 
 		 533 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0847  mechanosensitive ion channel family protein  32.8 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0334937  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  25.23 
 
 		 431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  25.3 
 
 		 433 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  25.3 
 
 		 433 aa  126  7e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  24.85 
 
 		 467 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  29.52 
 
 		 426 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  28.66 
 
 		 378 aa  119  6e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 		 351 aa  119  7e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 351 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  29.02 
 
 		 378 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  33.17 
 
 		 240 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  31.17 
 
 		 627 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  32.5 
 
 		 614 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  29.49 
 
 		 534 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  30.3 
 
 		 627 aa  113  7.000000000000001e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  26.47 
 
 		 373 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  30.3 
 
 		 627 aa  112  7.000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  38.57 
 
 		 352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  22.77 
 
 		 569 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  27.39 
 
 		 375 aa  110  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  28.08 
 
 		 362 aa  109  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 		 276 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  25.56 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  25.84 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 456 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  27.38 
 
 		 348 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  24.89 
 
 		 567 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 		 374 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 		 374 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 		 547 aa  102  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  31.42 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  30.68 
 
 		 531 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  25.9 
 
 		 378 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2145  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 537 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000018711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  25.71 
 
 		 590 aa  99.8  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  28.47 
 
 		 275 aa  99.8  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  28.47 
 
 		 275 aa  99.8  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  29.23 
 
 		 343 aa  98.6  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  27.73 
 
 		 322 aa  98.6  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  24.23 
 
 		 338 aa  98.6  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  27.16 
 
 		 340 aa  98.6  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1210  MscS mechanosensitive ion channel  31.5 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.224237  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 352 aa  97.8  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  26.5 
 
 		 374 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  28.16 
 
 		 275 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  29.29 
 
 		 275 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  28.79 
 
 		 570 aa  97.4  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  27.88 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  26.77 
 
 		 562 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  30.33 
 
 		 283 aa  96.7  5e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  28.48 
 
 		 342 aa  96.3  7e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  26.29 
 
 		 305 aa  96.3  8e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>