More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1210 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1210  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 344 aa  678    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.224237  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  49.85 
 
 		 348 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  44.24 
 
 		 338 aa  304  1.0000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  46.56 
 
 		 348 aa  276  5e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000167428  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 		 378 aa  229  6e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2568  MscS mechanosensitive ion channel  43.85 
 
 		 358 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  38.93 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0623  MscS Mechanosensitive ion channel  35.15 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  31.45 
 
 		 345 aa  186  6e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 		 484 aa  146  4.0000000000000006e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  30.65 
 
 		 361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  28.01 
 
 		 369 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  27.08 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  29.43 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  27.94 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  31.32 
 
 		 388 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  27.93 
 
 		 400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2837  MscS Mechanosensitive ion channel  27.52 
 
 		 366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.426677  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  29.75 
 
 		 376 aa  119  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 426 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 369 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2479  MscS Mechanosensitive ion channel  28.99 
 
 		 383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  29.27 
 
 		 366 aa  116  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  30.9 
 
 		 362 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  26.32 
 
 		 343 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 381 aa  112  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  27.89 
 
 		 380 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  28.29 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1569  MscS mechanosensitive ion channel  32.02 
 
 		 342 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  28.99 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  28.3 
 
 		 563 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  26.85 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  29.94 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  29.46 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  32.7 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  31.55 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  28.01 
 
 		 352 aa  104  2e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  29.82 
 
 		 270 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  30.62 
 
 		 547 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  29 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  30.98 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  31.98 
 
 		 369 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  30.09 
 
 		 532 aa  103  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  28.36 
 
 		 393 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 		 322 aa  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  26 
 
 		 384 aa  103  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 		 275 aa  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  31.05 
 
 		 286 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  27.76 
 
 		 547 aa  102  8e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  29.73 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  28.14 
 
 		 533 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  29.73 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  29.73 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  29.49 
 
 		 806 aa  101  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  29.73 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  29.73 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  29.73 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  29.73 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  29.27 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  29.74 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  25.57 
 
 		 561 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  28.18 
 
 		 549 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  30.5 
 
 		 494 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 551 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  28.18 
 
 		 549 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 551 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  28.18 
 
 		 549 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  28.25 
 
 		 274 aa  101  2e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 840 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  29.28 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  28.18 
 
 		 540 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 550 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  35.14 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  30.62 
 
 		 544 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 		 538 aa  100  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  29.28 
 
 		 275 aa  99.8  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  28.08 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  29.07 
 
 		 289 aa  99.8  7e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  29.07 
 
 		 289 aa  99.8  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 275 aa  99.8  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  29.07 
 
 		 289 aa  99.8  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 280 aa  99.4  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 298 aa  99.4  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 275 aa  99.4  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 283 aa  99  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19990  small-conductance mechanosensitive channel  35.71 
 
 		 264 aa  98.2  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  28.95 
 
 		 275 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>