More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2568 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2568  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 358 aa  724    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  58.82 
 
 		 378 aa  411  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  44.96 
 
 		 348 aa  238  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  44.3 
 
 		 338 aa  219  6e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1210  MscS mechanosensitive ion channel  45.3 
 
 		 344 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.224237  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  36.27 
 
 		 348 aa  196  6e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000167428  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0623  MscS Mechanosensitive ion channel  32.26 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 352 aa  165  9e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  39.81 
 
 		 345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  33.08 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  34.11 
 
 		 364 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 360 aa  135  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  29.28 
 
 		 484 aa  134  3e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 359 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  32.08 
 
 		 361 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1569  MscS mechanosensitive ion channel  31.83 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  29 
 
 		 362 aa  124  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 362 aa  123  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  28.42 
 
 		 362 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  28.3 
 
 		 354 aa  116  6e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  32.37 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  32.85 
 
 		 806 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  33.17 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  34.14 
 
 		 753 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  26.82 
 
 		 426 aa  113  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  33.05 
 
 		 636 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  33.17 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  34.36 
 
 		 636 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  32.52 
 
 		 544 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  29.86 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 		 299 aa  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  26.22 
 
 		 859 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  29.76 
 
 		 833 aa  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  30.66 
 
 		 538 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  32.88 
 
 		 560 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0014  MscS Mechanosensitive ion channel  35.2 
 
 		 289 aa  104  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 352 aa  103  4e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  27.83 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  29.39 
 
 		 637 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  26.52 
 
 		 343 aa  103  7e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 		 840 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 		 685 aa  102  8e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  30.49 
 
 		 561 aa  102  9e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  30.61 
 
 		 752 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  28.39 
 
 		 351 aa  102  1e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  30.48 
 
 		 533 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2837  MscS Mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.426677  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 547 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  34.2 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 276 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 376 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  33.82 
 
 		 843 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  34.85 
 
 		 275 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 280 aa  100  5e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  29.32 
 
 		 366 aa  99.8  6e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  32.5 
 
 		 269 aa  99.8  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 344 aa  99.4  8e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 		 305 aa  99  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 274 aa  99  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  31.55 
 
 		 270 aa  99  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  30.28 
 
 		 547 aa  99  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  27.8 
 
 		 351 aa  98.6  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 		 540 aa  98.2  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 662 aa  97.1  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 		 305 aa  97.4  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 551 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  30.66 
 
 		 550 aa  97.1  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  31.16 
 
 		 563 aa  96.7  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 551 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 273 aa  96.7  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  30.23 
 
 		 534 aa  96.7  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1773  MscS mechanosensitive ion channel  26.12 
 
 		 547 aa  96.7  6e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  28.63 
 
 		 301 aa  96.3  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2479  MscS Mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 383 aa  96.3  7e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1010  MscS mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.926579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  31.28 
 
 		 274 aa  95.9  9e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 549 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  31.34 
 
 		 288 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  25.42 
 
 		 373 aa  95.5  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 274 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  30.88 
 
 		 868 aa  95.9  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  30.62 
 
 		 549 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  29.55 
 
 		 532 aa  95.9  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  30.62 
 
 		 549 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 275 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 275 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 275 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  30.1 
 
 		 275 aa  95.1  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  32.32 
 
 		 273 aa  94.7  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  29.68 
 
 		 276 aa  94.7  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  31.07 
 
 		 275 aa  94.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  30.67 
 
 		 732 aa  95.1  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  26.65 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  28.85 
 
 		 874 aa  95.1  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  31.84 
 
 		 292 aa  95.1  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 		 614 aa  95.1  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  29.13 
 
 		 813 aa  94.7  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1320  MscS Mechanosensitive ion channel  28.69 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.23225 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  32.64 
 
 		 274 aa  94.4  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>