More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002898 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 
532 aa  1082    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  84.7 
 
 
563 aa  904    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  53.45 
 
 
561 aa  558  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  85.11 
 
 
292 aa  490  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  45.21 
 
 
534 aa  465  9.999999999999999e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  44.83 
 
 
544 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  44.7 
 
 
533 aa  445  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  42.8 
 
 
551 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  42.61 
 
 
551 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  43.91 
 
 
549 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  43.91 
 
 
549 aa  438  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  44.96 
 
 
549 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  42.94 
 
 
550 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  43.98 
 
 
538 aa  429  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  46.93 
 
 
547 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  42.16 
 
 
547 aa  419  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  41.6 
 
 
540 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  67.5 
 
 
200 aa  302  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  39.66 
 
 
531 aa  288  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
494 aa  261  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0560.2  small-conductance mechanosensitive channel  38.67 
 
 
429 aa  259  7e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  45.53 
 
 
270 aa  225  1e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  45.57 
 
 
280 aa  218  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  46.85 
 
 
275 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  42.35 
 
 
276 aa  213  7e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  41.22 
 
 
286 aa  205  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  40.73 
 
 
288 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  39.52 
 
 
269 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  41.67 
 
 
279 aa  200  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  38.43 
 
 
288 aa  200  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  40.5 
 
 
279 aa  199  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  37.88 
 
 
275 aa  198  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  44.64 
 
 
276 aa  197  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  37.73 
 
 
287 aa  196  8.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  36.96 
 
 
279 aa  192  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  42.99 
 
 
283 aa  189  8e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  39.01 
 
 
283 aa  189  9e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  35.58 
 
 
275 aa  188  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  35.4 
 
 
277 aa  188  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 
275 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.11 
 
 
275 aa  187  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  35.58 
 
 
274 aa  187  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  39.78 
 
 
288 aa  187  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  34.7 
 
 
274 aa  186  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  36.33 
 
 
274 aa  186  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  37.94 
 
 
267 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  37.94 
 
 
267 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.02 
 
 
289 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  35.02 
 
 
289 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  36.54 
 
 
277 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  35.6 
 
 
275 aa  184  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.02 
 
 
289 aa  184  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  35.08 
 
 
275 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  35.08 
 
 
275 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  36.16 
 
 
277 aa  184  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  40.32 
 
 
281 aa  183  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  34.68 
 
 
275 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  34.68 
 
 
275 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  34.68 
 
 
275 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 
270 aa  181  2e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  35.23 
 
 
276 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 
275 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  44.27 
 
 
279 aa  181  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  37.15 
 
 
267 aa  181  4e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  36.4 
 
 
271 aa  181  4e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  34.14 
 
 
275 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  36.76 
 
 
271 aa  180  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  34.08 
 
 
274 aa  179  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  36.82 
 
 
270 aa  179  1e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  37.7 
 
 
268 aa  178  2e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  36.07 
 
 
275 aa  177  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  33.21 
 
 
286 aa  177  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 
286 aa  177  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  33.21 
 
 
286 aa  177  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  33.21 
 
 
286 aa  177  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  33.21 
 
 
286 aa  177  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  33.09 
 
 
291 aa  177  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  33.21 
 
 
286 aa  177  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  33.21 
 
 
286 aa  177  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  39.72 
 
 
280 aa  176  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  33.21 
 
 
286 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  38.59 
 
 
276 aa  176  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  35.42 
 
 
274 aa  174  3.9999999999999995e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 
280 aa  173  6.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  36.55 
 
 
273 aa  172  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  35.27 
 
 
286 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  38.52 
 
 
274 aa  171  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  35.27 
 
 
286 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  35.27 
 
 
286 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  35.27 
 
 
286 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  34.85 
 
 
286 aa  171  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  35 
 
 
284 aa  170  5e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  36.32 
 
 
288 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  35.42 
 
 
277 aa  169  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  36.16 
 
 
298 aa  169  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 
292 aa  166  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  35.04 
 
 
269 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  31.7 
 
 
293 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  32.31 
 
 
283 aa  161  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  36.61 
 
 
268 aa  161  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>