More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1709 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  100 
 
 
494 aa  986    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  40.42 
 
 
531 aa  280  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  45.65 
 
 
538 aa  272  9e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  49.21 
 
 
550 aa  263  4e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  49.21 
 
 
551 aa  263  4e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  49.21 
 
 
551 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  53.36 
 
 
549 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  51.67 
 
 
540 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  53.36 
 
 
549 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  53.36 
 
 
549 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
532 aa  262  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  38.5 
 
 
544 aa  261  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  50.61 
 
 
561 aa  260  3e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  48.79 
 
 
533 aa  259  6e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  47.31 
 
 
547 aa  259  6e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  46.69 
 
 
547 aa  257  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  49.21 
 
 
563 aa  257  4e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  43.8 
 
 
534 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  49.79 
 
 
292 aa  248  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  55 
 
 
200 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  43.8 
 
 
275 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  40.73 
 
 
280 aa  218  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  43.98 
 
 
279 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  41.06 
 
 
270 aa  211  2e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  46.33 
 
 
276 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  43.03 
 
 
287 aa  208  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  41.22 
 
 
277 aa  208  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  41.6 
 
 
274 aa  208  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  40.52 
 
 
268 aa  206  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  44.2 
 
 
283 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  44.35 
 
 
279 aa  204  3e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  40.43 
 
 
283 aa  203  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  39.15 
 
 
279 aa  202  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  41.95 
 
 
288 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  41.84 
 
 
286 aa  202  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 
275 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 
275 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  38.1 
 
 
275 aa  201  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 
275 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  38.1 
 
 
275 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  38.1 
 
 
275 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  41.8 
 
 
288 aa  199  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  37.7 
 
 
269 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  38.49 
 
 
275 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  39.06 
 
 
275 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  37.7 
 
 
275 aa  197  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  38.2 
 
 
274 aa  194  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  39.54 
 
 
267 aa  193  7e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  39.67 
 
 
268 aa  192  9e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  38.33 
 
 
274 aa  192  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  38.11 
 
 
298 aa  192  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  37.35 
 
 
276 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  40.38 
 
 
267 aa  192  2e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 
274 aa  190  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  37.77 
 
 
279 aa  190  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  38.04 
 
 
276 aa  189  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  39.62 
 
 
267 aa  189  1e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  37.8 
 
 
275 aa  188  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 
275 aa  188  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  37.37 
 
 
275 aa  186  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  36.14 
 
 
277 aa  186  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  38.68 
 
 
270 aa  186  8e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  41.12 
 
 
276 aa  182  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  36.55 
 
 
275 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  36.26 
 
 
288 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  36.43 
 
 
288 aa  180  5.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  35.83 
 
 
281 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  34.92 
 
 
291 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  36.9 
 
 
270 aa  175  9.999999999999999e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.95 
 
 
289 aa  175  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.95 
 
 
289 aa  175  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  38.34 
 
 
258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  35.95 
 
 
289 aa  175  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 
273 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  35.94 
 
 
280 aa  174  2.9999999999999996e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  39.42 
 
 
274 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  42.93 
 
 
269 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  35.29 
 
 
291 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  39.5 
 
 
297 aa  172  9e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  35.29 
 
 
286 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 
286 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  35.29 
 
 
286 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  35.29 
 
 
286 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  35.29 
 
 
286 aa  172  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  35.29 
 
 
286 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  35.29 
 
 
286 aa  172  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  35.29 
 
 
286 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  33.7 
 
 
271 aa  172  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  34.06 
 
 
271 aa  171  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  37.7 
 
 
293 aa  171  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  39.05 
 
 
286 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  39.05 
 
 
286 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  39.05 
 
 
286 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  39.05 
 
 
286 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  36.03 
 
 
277 aa  169  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  39.05 
 
 
286 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  35.9 
 
 
284 aa  168  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  35.12 
 
 
291 aa  168  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  34.34 
 
 
291 aa  166  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  38.6 
 
 
292 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>