More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2842 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 369 aa  756    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  45.38 
 
 		 376 aa  323  3e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2837  MscS Mechanosensitive ion channel  36.57 
 
 		 366 aa  202  8e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.426677  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2479  MscS Mechanosensitive ion channel  35.99 
 
 		 383 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  33.13 
 
 		 361 aa  177  2e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  31.38 
 
 		 484 aa  168  2e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 		 359 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  28.36 
 
 		 360 aa  149  8e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1569  MscS mechanosensitive ion channel  40.31 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  30.29 
 
 		 366 aa  143  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  30.74 
 
 		 364 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 		 362 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  28.49 
 
 		 369 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  27.22 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  36.23 
 
 		 291 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 393 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  37.24 
 
 		 636 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  37.24 
 
 		 636 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  36.6 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 		 861 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 		 685 aa  127  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.1 
 
 		 806 aa  126  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  32.27 
 
 		 637 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  27.84 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  31.84 
 
 		 447 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 428 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 		 435 aa  119  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  32.35 
 
 		 560 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  33.8 
 
 		 299 aa  119  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  33.48 
 
 		 1144 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  31.22 
 
 		 447 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  33.64 
 
 		 1098 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  29.17 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  28.01 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  33.97 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  28.99 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  28.96 
 
 		 406 aa  113  5e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  28.29 
 
 		 348 aa  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  26.37 
 
 		 380 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  30.34 
 
 		 275 aa  113  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  27.57 
 
 		 338 aa  112  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  27.97 
 
 		 270 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  34.18 
 
 		 270 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  28.64 
 
 		 874 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  33.03 
 
 		 275 aa  110  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  30.53 
 
 		 840 aa  109  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  30.52 
 
 		 843 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  32.84 
 
 		 472 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  32.11 
 
 		 289 aa  109  8.000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  30.9 
 
 		 1120 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  27.51 
 
 		 813 aa  109  8.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  30.9 
 
 		 1120 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  30.9 
 
 		 1120 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  30.9 
 
 		 1120 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  30.9 
 
 		 1120 aa  109  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  30.9 
 
 		 1120 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 429 aa  109  9.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  30.9 
 
 		 1120 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  30.9 
 
 		 1120 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 877 aa  109  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  31.63 
 
 		 844 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  33.99 
 
 		 1110 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  30.9 
 
 		 1118 aa  109  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  32.42 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  33.33 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  33.5 
 
 		 1133 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  32.75 
 
 		 356 aa  107  3e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  35.08 
 
 		 1128 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  31.67 
 
 		 1120 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  31.67 
 
 		 1120 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  31.67 
 
 		 1120 aa  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2568  MscS mechanosensitive ion channel  29.86 
 
 		 358 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  31.74 
 
 		 274 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 305 aa  107  5e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  31.67 
 
 		 1110 aa  107  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  30.24 
 
 		 385 aa  106  6e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1210  MscS mechanosensitive ion channel  30.16 
 
 		 344 aa  106  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.224237  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  29.09 
 
 		 833 aa  106  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  28.96 
 
 		 433 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  29.79 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  31.41 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  33.01 
 
 		 448 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  31.46 
 
 		 1118 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  31.46 
 
 		 1118 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0569  MscS Mechanosensitive ion channel  31.7 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912877  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  31.46 
 
 		 1120 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  30.36 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  28.96 
 
 		 433 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 274 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  31.46 
 
 		 1120 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  31.46 
 
 		 1118 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  31.22 
 
 		 359 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  31.8 
 
 		 341 aa  104  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  30.9 
 
 		 1115 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 356 aa  103  3e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>