More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3343 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  45.77 
 
 		 833 aa  692    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2052  MscS Mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 		 810 aa  664    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  100 
 
 		 813 aa  1650    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 		 862 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  26.88 
 
 		 794 aa  238  4e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  24.2 
 
 		 779 aa  215  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  25.63 
 
 		 842 aa  182  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  32.52 
 
 		 843 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  34.03 
 
 		 685 aa  152  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2049  MscS mechanosensitive ion channel  27.63 
 
 		 783 aa  151  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  27.15 
 
 		 784 aa  150  8e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.24 
 
 		 806 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  38.86 
 
 		 291 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 		 795 aa  143  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  38.61 
 
 		 299 aa  141  6e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  35.24 
 
 		 981 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  35.61 
 
 		 874 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  35.24 
 
 		 298 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08271  hypothetical protein  35.68 
 
 		 329 aa  135  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1632  mechanosensitive ion channel family protein  36.46 
 
 		 782 aa  134  6.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274059  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  32.47 
 
 		 807 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  35.18 
 
 		 864 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1712  MscS mechanosensitive ion channel  36.16 
 
 		 291 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  31.5 
 
 		 322 aa  133  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  35.78 
 
 		 472 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 560 aa  131  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  35.85 
 
 		 1098 aa  130  7.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  36.46 
 
 		 636 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  36.46 
 
 		 636 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  36.5 
 
 		 830 aa  130  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  34.72 
 
 		 840 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  32.72 
 
 		 321 aa  129  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  35.92 
 
 		 796 aa  128  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  34.18 
 
 		 860 aa  127  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  32.35 
 
 		 832 aa  127  7e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 		 1235 aa  127  7e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 435 aa  127  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  30.62 
 
 		 287 aa  126  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  32.98 
 
 		 753 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  37.89 
 
 		 844 aa  126  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 		 1110 aa  126  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 		 845 aa  125  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  37.37 
 
 		 843 aa  125  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  34.47 
 
 		 803 aa  124  5e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  34.23 
 
 		 867 aa  125  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  36.06 
 
 		 847 aa  124  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  32.81 
 
 		 297 aa  124  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  43.14 
 
 		 849 aa  124  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  31.65 
 
 		 1110 aa  124  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  42.48 
 
 		 847 aa  124  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  33.68 
 
 		 1120 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  32.18 
 
 		 816 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  33.68 
 
 		 1118 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  31.98 
 
 		 275 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  33.68 
 
 		 1118 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  33.68 
 
 		 1118 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  33.68 
 
 		 1120 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  26.05 
 
 		 752 aa  122  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 1105 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  29.46 
 
 		 861 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  37.42 
 
 		 1120 aa  122  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  37.42 
 
 		 1120 aa  122  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  37.42 
 
 		 1120 aa  122  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  37.42 
 
 		 1120 aa  122  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  37.42 
 
 		 1118 aa  122  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  37.42 
 
 		 1120 aa  122  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  37.42 
 
 		 1120 aa  122  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  32.84 
 
 		 1118 aa  122  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  37.42 
 
 		 1120 aa  122  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  37.42 
 
 		 1120 aa  122  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  32.84 
 
 		 1118 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1606  MscS mechanosensitive ion channel  33.68 
 
 		 307 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.696801  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 809 aa  121  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  32.35 
 
 		 439 aa  120  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  32.63 
 
 		 859 aa  120  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  35.26 
 
 		 814 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  35.32 
 
 		 825 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  31.84 
 
 		 637 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  32.29 
 
 		 294 aa  120  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  32.37 
 
 		 1120 aa  120  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  32.64 
 
 		 1115 aa  120  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  32.37 
 
 		 1120 aa  120  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  32.37 
 
 		 1120 aa  120  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  32.22 
 
 		 732 aa  119  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  29.18 
 
 		 825 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  31.32 
 
 		 269 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  29.06 
 
 		 291 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  29.1 
 
 		 437 aa  119  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  29.72 
 
 		 286 aa  118  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  31.86 
 
 		 440 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  29.72 
 
 		 286 aa  118  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 		 286 aa  118  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  30.48 
 
 		 1111 aa  118  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  29.72 
 
 		 286 aa  118  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  29.72 
 
 		 286 aa  118  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  29.72 
 
 		 286 aa  118  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  29.72 
 
 		 286 aa  118  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  29.72 
 
 		 286 aa  118  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 447 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  34.24 
 
 		 280 aa  117  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>