More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3427 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 428 aa  826    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  57.01 
 
 		 435 aa  340  2e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  51.89 
 
 		 321 aa  289  6e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  41.97 
 
 		 451 aa  220  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  42.11 
 
 		 322 aa  216  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  39.16 
 
 		 456 aa  214  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  42.5 
 
 		 448 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  36.11 
 
 		 440 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  40.31 
 
 		 475 aa  204  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  36.52 
 
 		 437 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  37.56 
 
 		 432 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  31.94 
 
 		 439 aa  193  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  40.5 
 
 		 432 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  34.69 
 
 		 437 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  37.05 
 
 		 435 aa  189  8e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  37.94 
 
 		 450 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.78 
 
 		 806 aa  176  9e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  37.41 
 
 		 420 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.76 
 
 		 450 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  37.76 
 
 		 449 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  37.76 
 
 		 449 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.76 
 
 		 450 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.76 
 
 		 450 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  37.76 
 
 		 450 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.41 
 
 		 450 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  37.5 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  38.49 
 
 		 460 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  38.13 
 
 		 460 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  34.69 
 
 		 299 aa  169  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  33.12 
 
 		 451 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  33.96 
 
 		 451 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  37.11 
 
 		 444 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  42.51 
 
 		 427 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  38.81 
 
 		 864 aa  161  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  35.79 
 
 		 298 aa  160  6e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  28.94 
 
 		 479 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  32.87 
 
 		 752 aa  157  4e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  33.67 
 
 		 981 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  39.82 
 
 		 451 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  41.55 
 
 		 451 aa  156  7e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  40.67 
 
 		 861 aa  156  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2622  MscS mechanosensitive ion channel  33.14 
 
 		 412 aa  155  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  38.13 
 
 		 859 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  34.47 
 
 		 685 aa  150  5e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 458 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  34.26 
 
 		 807 aa  150  6e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  35 
 
 		 1111 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  31.45 
 
 		 429 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  39.29 
 
 		 461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  36.84 
 
 		 457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  30.7 
 
 		 795 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  34.67 
 
 		 784 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  35.32 
 
 		 472 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  36.66 
 
 		 454 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  38.39 
 
 		 843 aa  146  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  35.67 
 
 		 457 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  36.08 
 
 		 422 aa  146  8.000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  31.8 
 
 		 1144 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  32.28 
 
 		 825 aa  144  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  31.75 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  37.3 
 
 		 505 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  32.89 
 
 		 637 aa  143  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  36.41 
 
 		 816 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  35.75 
 
 		 636 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  36.66 
 
 		 461 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  35.75 
 
 		 636 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 560 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  36.28 
 
 		 1118 aa  140  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  36.28 
 
 		 1120 aa  140  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  36.28 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  36.28 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  36.28 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  36.28 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  36.28 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  36.28 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  36.28 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  35.81 
 
 		 1120 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  35.81 
 
 		 1118 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  35.81 
 
 		 1118 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  33.8 
 
 		 1235 aa  139  1e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  36.74 
 
 		 1115 aa  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  35.81 
 
 		 1120 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  35.78 
 
 		 1110 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  35.81 
 
 		 1118 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  34.58 
 
 		 426 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  32.59 
 
 		 1166 aa  138  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  33.18 
 
 		 1117 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 874 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  40.24 
 
 		 456 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0101  putative AefA  32.25 
 
 		 338 aa  136  7.000000000000001e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.0000000159695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  35.81 
 
 		 1133 aa  136  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  34.47 
 
 		 1067 aa  136  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  34.47 
 
 		 1067 aa  136  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 		 1072 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 		 1067 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 		 1072 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 		 1072 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  31 
 
 		 832 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  39.89 
 
 		 1128 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>