More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1816 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  100 
 
 
448 aa  886    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  37.64 
 
 
456 aa  297  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  44.91 
 
 
435 aa  243  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  33.17 
 
 
451 aa  238  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  37.61 
 
 
440 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  36.71 
 
 
439 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  42.5 
 
 
428 aa  225  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  35.21 
 
 
432 aa  225  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  35.97 
 
 
475 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  36.1 
 
 
437 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  33.72 
 
 
432 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  38.83 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  34.58 
 
 
437 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  37.89 
 
 
322 aa  208  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  30.88 
 
 
435 aa  206  6e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.25 
 
 
450 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.25 
 
 
450 aa  204  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.25 
 
 
450 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  35.25 
 
 
450 aa  204  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  35.25 
 
 
449 aa  204  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  35.25 
 
 
449 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  35.25 
 
 
450 aa  204  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  36.93 
 
 
420 aa  197  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  34.53 
 
 
450 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  32.45 
 
 
451 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  31.67 
 
 
460 aa  186  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  34.64 
 
 
451 aa  186  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  32.12 
 
 
460 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  27.75 
 
 
479 aa  183  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  29.84 
 
 
444 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  33.22 
 
 
451 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 
451 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  29.16 
 
 
441 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  27.51 
 
 
429 aa  163  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  32.97 
 
 
291 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  35.45 
 
 
461 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  32.94 
 
 
422 aa  159  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  35.12 
 
 
454 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 
299 aa  158  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  35.12 
 
 
505 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 
784 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  35.12 
 
 
461 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2622  MscS mechanosensitive ion channel  28.03 
 
 
412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  29.7 
 
 
426 aa  154  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  31.03 
 
 
462 aa  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.84 
 
 
806 aa  150  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3066  MscS mechanosensitive ion channel  31.95 
 
 
452 aa  150  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  32.37 
 
 
457 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  29.33 
 
 
298 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 
427 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 
458 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2167  MscS mechanosensitive ion channel  29.07 
 
 
437 aa  146  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.880536  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  26.44 
 
 
444 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  35.38 
 
 
795 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  29.83 
 
 
435 aa  143  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 
637 aa  143  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2451  hypothetical protein  33.33 
 
 
447 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  26.9 
 
 
301 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  36.76 
 
 
864 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  37.93 
 
 
807 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
843 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 
457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  34.85 
 
 
636 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  34.85 
 
 
636 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  29.36 
 
 
560 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  32.47 
 
 
862 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 
830 aa  134  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  33.81 
 
 
844 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 
685 aa  133  6.999999999999999e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  33.02 
 
 
843 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  29.07 
 
 
287 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  31.06 
 
 
472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 
456 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  35.21 
 
 
840 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  33.98 
 
 
816 aa  131  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 
842 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  31.29 
 
 
785 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 
447 aa  130  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  31.29 
 
 
891 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1632  mechanosensitive ion channel family protein  31.37 
 
 
782 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274059  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  33.65 
 
 
981 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  26.3 
 
 
447 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  29.7 
 
 
861 aa  126  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2300  MscS Mechanosensitive ion channel  29.43 
 
 
427 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 
1235 aa  124  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  32.55 
 
 
825 aa  124  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2811  MscS mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 
427 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.231648 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  31.95 
 
 
752 aa  124  3e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1712  MscS mechanosensitive ion channel  30.45 
 
 
291 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1435  hypothetical protein  27.27 
 
 
983 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 
874 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1549  hypothetical protein  27.27 
 
 
983 aa  119  9e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 
297 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  30.15 
 
 
859 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  31.56 
 
 
796 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  29.47 
 
 
1144 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  29.6 
 
 
1111 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  30.45 
 
 
833 aa  117  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  26.78 
 
 
753 aa  117  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  31.74 
 
 
429 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>