More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0613 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  63.44 
 
 		 549 aa  702    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  71.56 
 
 		 533 aa  801    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  64.05 
 
 		 549 aa  706    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  63.44 
 
 		 549 aa  702    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  61.9 
 
 		 538 aa  685    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  62.62 
 
 		 544 aa  639    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  66.91 
 
 		 540 aa  718    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  64.23 
 
 		 551 aa  667    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  62.93 
 
 		 550 aa  670    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 547 aa  1106    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  62.67 
 
 		 547 aa  637    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  61.81 
 
 		 551 aa  666    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  48.33 
 
 		 534 aa  459  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0560.2  small-conductance mechanosensitive channel  60.47 
 
 		 429 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  43.45 
 
 		 563 aa  438  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  46.93 
 
 		 532 aa  426  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  41.31 
 
 		 561 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  85.35 
 
 		 200 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  62.08 
 
 		 292 aa  340  4e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0522  putative small-conductance mechanosensitive channel  49.24 
 
 		 331 aa  297  4e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.122809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  42.16 
 
 		 531 aa  289  1e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  47.6 
 
 		 494 aa  257  4e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  43.65 
 
 		 270 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  41.86 
 
 		 276 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  42.51 
 
 		 275 aa  213  7.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 		 277 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  44.44 
 
 		 279 aa  209  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  37.73 
 
 		 275 aa  207  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  49.51 
 
 		 279 aa  205  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  39.48 
 
 		 280 aa  204  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  44.24 
 
 		 279 aa  204  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  39.59 
 
 		 269 aa  203  7e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  38.1 
 
 		 275 aa  203  8e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  41.7 
 
 		 276 aa  201  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 275 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 275 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  39.36 
 
 		 275 aa  200  5e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  39.45 
 
 		 275 aa  199  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  40.24 
 
 		 279 aa  199  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  36.59 
 
 		 287 aa  199  7.999999999999999e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  35.51 
 
 		 286 aa  199  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  37.98 
 
 		 275 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  36.13 
 
 		 288 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  38 
 
 		 275 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  38 
 
 		 275 aa  198  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  38 
 
 		 275 aa  198  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  38.93 
 
 		 270 aa  197  6e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  37.3 
 
 		 275 aa  196  9e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  37.6 
 
 		 275 aa  196  9e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  35.87 
 
 		 274 aa  193  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  42.4 
 
 		 283 aa  192  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  35.93 
 
 		 288 aa  192  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  37.96 
 
 		 277 aa  192  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  36.8 
 
 		 275 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  35.84 
 
 		 276 aa  189  8e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  45.85 
 
 		 283 aa  189  9e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  37.9 
 
 		 267 aa  188  2e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  39.45 
 
 		 274 aa  188  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  36.48 
 
 		 274 aa  189  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  35.77 
 
 		 274 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 267 aa  184  3e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  34.84 
 
 		 280 aa  184  4.0000000000000006e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  36.47 
 
 		 267 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  36.19 
 
 		 276 aa  180  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  39.06 
 
 		 278 aa  178  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  33.6 
 
 		 274 aa  177  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  33.46 
 
 		 281 aa  176  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  37.08 
 
 		 268 aa  175  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 		 269 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 		 288 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  39.23 
 
 		 280 aa  174  5e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  35.46 
 
 		 268 aa  173  5.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  37.3 
 
 		 271 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 		 270 aa  171  2e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  37.6 
 
 		 271 aa  172  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 277 aa  171  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 274 aa  169  1e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 273 aa  169  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  33.64 
 
 		 288 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  37.33 
 
 		 298 aa  169  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  34.69 
 
 		 286 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  34.69 
 
 		 286 aa  168  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  34.69 
 
 		 286 aa  168  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  34.69 
 
 		 286 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  34.69 
 
 		 286 aa  168  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  34.69 
 
 		 291 aa  168  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  34.69 
 
 		 286 aa  168  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  34.69 
 
 		 286 aa  168  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  40.31 
 
 		 291 aa  168  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  36.32 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  36.32 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  36.32 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  31.71 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  31.71 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  36.32 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  35.85 
 
 		 286 aa  167  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  34.69 
 
 		 286 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 291 aa  166  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  36.79 
 
 		 284 aa  164  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>