More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2803 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 277 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  80.15 
 
 		 275 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  80.15 
 
 		 275 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  79.27 
 
 		 275 aa  461  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  79.04 
 
 		 275 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  79.64 
 
 		 275 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  78.91 
 
 		 275 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  78.18 
 
 		 275 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  78.18 
 
 		 275 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  78.18 
 
 		 275 aa  454  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  75.36 
 
 		 275 aa  441  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  74.37 
 
 		 275 aa  433  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  75.82 
 
 		 274 aa  429  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  74.36 
 
 		 274 aa  424  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  72.1 
 
 		 274 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  73.91 
 
 		 274 aa  423  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  54.17 
 
 		 277 aa  296  2e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  55.17 
 
 		 288 aa  292  4e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  51.64 
 
 		 287 aa  290  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  53.64 
 
 		 288 aa  287  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  51.48 
 
 		 286 aa  281  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  49.81 
 
 		 276 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  46.07 
 
 		 270 aa  271  7e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  46.99 
 
 		 275 aa  266  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  46.67 
 
 		 276 aa  263  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  46.42 
 
 		 269 aa  261  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  48.34 
 
 		 288 aa  251  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  46.92 
 
 		 270 aa  251  7e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  44.57 
 
 		 280 aa  251  8.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  44.15 
 
 		 275 aa  244  9.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  45.95 
 
 		 279 aa  241  7e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  44.16 
 
 		 286 aa  239  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  44.16 
 
 		 286 aa  239  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  44.16 
 
 		 286 aa  239  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  44.16 
 
 		 286 aa  239  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  44.16 
 
 		 286 aa  239  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  44.16 
 
 		 286 aa  239  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  44.16 
 
 		 286 aa  239  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  44.16 
 
 		 291 aa  240  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  44.69 
 
 		 285 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  44.16 
 
 		 289 aa  237  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.16 
 
 		 289 aa  237  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.16 
 
 		 289 aa  237  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  43.8 
 
 		 286 aa  238  1e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  44.69 
 
 		 285 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  43.77 
 
 		 283 aa  236  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  44.69 
 
 		 285 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  45.97 
 
 		 291 aa  235  6e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  43.96 
 
 		 285 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  43.75 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  45.86 
 
 		 278 aa  228  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  42.32 
 
 		 271 aa  227  1e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  42.28 
 
 		 293 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  42.97 
 
 		 271 aa  227  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  50 
 
 		 286 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  50 
 
 		 286 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  50 
 
 		 286 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  50 
 
 		 286 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  49.56 
 
 		 286 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  43.58 
 
 		 283 aa  224  8e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  40.96 
 
 		 275 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  42.35 
 
 		 283 aa  224  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  45.9 
 
 		 279 aa  223  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  47.81 
 
 		 284 aa  221  7e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 		 268 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  42.22 
 
 		 275 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  40.96 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  43.33 
 
 		 276 aa  211  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  37.78 
 
 		 274 aa  211  2e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  41.57 
 
 		 279 aa  209  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  48.16 
 
 		 279 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  41.95 
 
 		 274 aa  207  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  41.38 
 
 		 270 aa  207  1e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  41.98 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  38.24 
 
 		 277 aa  205  8e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  39.92 
 
 		 273 aa  204  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  39.67 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  40.15 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  45.83 
 
 		 276 aa  201  9e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  38.76 
 
 		 531 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  38.72 
 
 		 533 aa  199  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 544 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4420  MscS mechanosensitive ion channel  45.77 
 
 		 279 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0689552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  39.36 
 
 		 291 aa  195  7e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  40.08 
 
 		 283 aa  195  8.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  36.84 
 
 		 534 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  39.92 
 
 		 540 aa  192  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  39.09 
 
 		 249 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  37.93 
 
 		 538 aa  192  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  37.96 
 
 		 547 aa  192  7e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  36.73 
 
 		 550 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  35.4 
 
 		 563 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  39.18 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  44.66 
 
 		 278 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  44.27 
 
 		 278 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  35.4 
 
 		 532 aa  188  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  37.85 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  36.06 
 
 		 549 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  38.78 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  36.06 
 
 		 549 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>