More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3145 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  62.98 
 
 		 549 aa  670    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 544 aa  1103    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  63.64 
 
 		 549 aa  670    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  62.62 
 
 		 547 aa  639    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  63.64 
 
 		 549 aa  671    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  59.85 
 
 		 551 aa  660    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  61.43 
 
 		 550 aa  659    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  61.46 
 
 		 547 aa  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  59.93 
 
 		 538 aa  655    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  60.04 
 
 		 551 aa  660    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  57.47 
 
 		 533 aa  618  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  60.3 
 
 		 540 aa  620  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  45.9 
 
 		 534 aa  465  9.999999999999999e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0560.2  small-conductance mechanosensitive channel  59.42 
 
 		 429 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  44.83 
 
 		 532 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  44.36 
 
 		 563 aa  436  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 561 aa  431  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  83.76 
 
 		 200 aa  364  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  63.56 
 
 		 292 aa  338  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0522  putative small-conductance mechanosensitive channel  49.14 
 
 		 331 aa  273  6e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.122809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  40.43 
 
 		 531 aa  272  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  38.5 
 
 		 494 aa  261  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  43.36 
 
 		 276 aa  221  3e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  40.87 
 
 		 270 aa  211  3e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  39.23 
 
 		 275 aa  206  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  36.6 
 
 		 275 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  38.24 
 
 		 269 aa  204  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  38.46 
 
 		 288 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  38.46 
 
 		 287 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  38.04 
 
 		 275 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 280 aa  202  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  38.82 
 
 		 275 aa  201  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  37.6 
 
 		 275 aa  200  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  37.6 
 
 		 275 aa  200  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  36.76 
 
 		 277 aa  199  9e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  38.55 
 
 		 275 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  38.04 
 
 		 267 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  38.31 
 
 		 286 aa  198  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  38.06 
 
 		 288 aa  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  37.6 
 
 		 276 aa  198  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 275 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 275 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 277 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  38.82 
 
 		 275 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 		 267 aa  196  8.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  37.98 
 
 		 275 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  37.91 
 
 		 283 aa  196  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 		 275 aa  196  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  39.17 
 
 		 279 aa  195  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  42.13 
 
 		 279 aa  194  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  39.34 
 
 		 279 aa  194  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  39.39 
 
 		 274 aa  193  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  38.55 
 
 		 279 aa  193  8e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  37.02 
 
 		 275 aa  193  9e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  36.08 
 
 		 267 aa  192  2e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  36.86 
 
 		 274 aa  190  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  38.93 
 
 		 275 aa  188  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  36.44 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  36.44 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  36.44 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  36.44 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  36.44 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  36.44 
 
 		 291 aa  188  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  36.44 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  36.44 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 		 274 aa  187  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  39.91 
 
 		 276 aa  187  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  36.44 
 
 		 286 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  41.47 
 
 		 283 aa  185  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  36.36 
 
 		 281 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  36.43 
 
 		 274 aa  183  8.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  38.65 
 
 		 276 aa  183  9.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  37.01 
 
 		 270 aa  182  1e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  34.41 
 
 		 289 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  34.41 
 
 		 289 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  36.07 
 
 		 270 aa  182  2e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  34.41 
 
 		 289 aa  182  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  35.94 
 
 		 274 aa  181  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  35.9 
 
 		 288 aa  181  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  36.43 
 
 		 278 aa  179  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  37.5 
 
 		 280 aa  179  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  38.6 
 
 		 286 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  38.6 
 
 		 286 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  38.6 
 
 		 286 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  38.6 
 
 		 286 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  38.14 
 
 		 286 aa  178  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  37.35 
 
 		 269 aa  178  3e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  34.39 
 
 		 268 aa  176  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 		 273 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  36.25 
 
 		 268 aa  173  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  38.6 
 
 		 284 aa  172  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  33.87 
 
 		 292 aa  172  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  36.05 
 
 		 277 aa  171  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 298 aa  171  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  37.85 
 
 		 277 aa  170  7e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 283 aa  169  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 		 283 aa  167  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  35.04 
 
 		 271 aa  167  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  35.6 
 
 		 271 aa  166  9e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>