More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0452 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 283 aa  572  1.0000000000000001e-162  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  50.77 
 
 		 268 aa  271  1e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  49.08 
 
 		 276 aa  270  2e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  47.08 
 
 		 268 aa  257  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  48.41 
 
 		 298 aa  251  8.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  45.59 
 
 		 270 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  46.99 
 
 		 269 aa  242  5e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  46.27 
 
 		 286 aa  239  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  45.49 
 
 		 287 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  46.18 
 
 		 275 aa  236  4e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  45.49 
 
 		 288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  44.31 
 
 		 288 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  46.59 
 
 		 276 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  47.08 
 
 		 276 aa  229  5e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  44.4 
 
 		 280 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  45.2 
 
 		 275 aa  225  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  39.77 
 
 		 301 aa  217  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  42.02 
 
 		 288 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  41.96 
 
 		 275 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  42.75 
 
 		 274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  41.41 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  41.41 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  40.45 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  41.57 
 
 		 275 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  41.57 
 
 		 275 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  41.57 
 
 		 275 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  41.61 
 
 		 283 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  40.78 
 
 		 275 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  39.62 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  39.61 
 
 		 275 aa  211  7e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  40.68 
 
 		 276 aa  211  9e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  41.18 
 
 		 274 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  41.96 
 
 		 275 aa  210  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  39.61 
 
 		 275 aa  209  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  41.49 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  40.78 
 
 		 274 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  39.78 
 
 		 277 aa  209  5e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  41.2 
 
 		 274 aa  206  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  41.9 
 
 		 281 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  38.95 
 
 		 277 aa  205  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  39.3 
 
 		 494 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  38.85 
 
 		 274 aa  204  1e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  38.1 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 		 275 aa  202  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  39 
 
 		 291 aa  201  9e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  40.08 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  44.14 
 
 		 266 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  40.08 
 
 		 285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  43.64 
 
 		 286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  43.22 
 
 		 286 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  43.22 
 
 		 286 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  43.22 
 
 		 286 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  43.22 
 
 		 286 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  39.69 
 
 		 285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  46.61 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  39.62 
 
 		 538 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 547 aa  199  5e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  39.69 
 
 		 285 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  38.69 
 
 		 277 aa  198  9e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  41.04 
 
 		 286 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  41.04 
 
 		 286 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  41.04 
 
 		 286 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  41.04 
 
 		 286 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  41.04 
 
 		 286 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  41.04 
 
 		 286 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  41.04 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  45 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  41.04 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  41.04 
 
 		 286 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  39.83 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 		 549 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 		 549 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  39.67 
 
 		 292 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 		 549 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  41.36 
 
 		 540 aa  195  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  39.15 
 
 		 547 aa  195  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  40.91 
 
 		 551 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  40.91 
 
 		 551 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  41.83 
 
 		 279 aa  194  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  40.57 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  37.75 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  40.45 
 
 		 550 aa  192  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  43.26 
 
 		 284 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  39.85 
 
 		 274 aa  192  7e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  41.78 
 
 		 533 aa  191  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  40.38 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  40.38 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  40.38 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 561 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  40.89 
 
 		 532 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  36.82 
 
 		 534 aa  189  2.9999999999999997e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  39.31 
 
 		 531 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  42.53 
 
 		 292 aa  189  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  37.08 
 
 		 275 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  42.99 
 
 		 563 aa  189  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  37.91 
 
 		 288 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  38.52 
 
 		 291 aa  187  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  38.46 
 
 		 291 aa  186  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  39.36 
 
 		 280 aa  186  3e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>