More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0032 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  100 
 
 		 287 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  83.62 
 
 		 288 aa  503  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  82.23 
 
 		 288 aa  494  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  79.55 
 
 		 286 aa  438  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  55.47 
 
 		 275 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.08 
 
 		 289 aa  300  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.08 
 
 		 289 aa  300  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  51.08 
 
 		 289 aa  300  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  54.34 
 
 		 275 aa  299  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  54.34 
 
 		 275 aa  299  4e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  54.55 
 
 		 275 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  54.55 
 
 		 275 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  54.72 
 
 		 275 aa  298  8e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  54.17 
 
 		 275 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  54.3 
 
 		 275 aa  296  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  54.17 
 
 		 275 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  52.71 
 
 		 288 aa  293  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  53.96 
 
 		 275 aa  292  3e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  54.05 
 
 		 275 aa  289  3e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  51.64 
 
 		 277 aa  290  3e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  53.88 
 
 		 274 aa  288  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  51.69 
 
 		 274 aa  288  9e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  47.84 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  47.84 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  47.84 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  47.84 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  47.84 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  47.84 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  47.84 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  47.84 
 
 		 291 aa  287  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  47.48 
 
 		 286 aa  285  8e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  49.1 
 
 		 292 aa  281  7.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  49.1 
 
 		 293 aa  280  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  54.26 
 
 		 275 aa  280  2e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  47.62 
 
 		 283 aa  278  9e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  48.12 
 
 		 285 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  51.35 
 
 		 274 aa  278  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  50.97 
 
 		 280 aa  277  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  49.06 
 
 		 269 aa  277  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  47.74 
 
 		 285 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  51.74 
 
 		 274 aa  275  5e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  50.36 
 
 		 286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  50.36 
 
 		 286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  50.36 
 
 		 286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  47.37 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  50.36 
 
 		 286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  50 
 
 		 286 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  50.59 
 
 		 270 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  46.99 
 
 		 285 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  47.41 
 
 		 283 aa  268  7e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  48.92 
 
 		 284 aa  267  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  47.19 
 
 		 291 aa  267  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  44.16 
 
 		 276 aa  265  8.999999999999999e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  50.79 
 
 		 277 aa  259  4e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  42.7 
 
 		 270 aa  252  5.000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  45.91 
 
 		 276 aa  251  9.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  45.86 
 
 		 275 aa  251  9.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  44.24 
 
 		 275 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  44.36 
 
 		 268 aa  246  2e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  45.32 
 
 		 275 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  44.36 
 
 		 279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  45.05 
 
 		 279 aa  238  5.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  44.78 
 
 		 278 aa  237  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  43.03 
 
 		 274 aa  232  6e-60  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  41.61 
 
 		 283 aa  229  4e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  48.18 
 
 		 283 aa  229  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  44.07 
 
 		 277 aa  228  7e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  43.02 
 
 		 274 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  39.26 
 
 		 271 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  39.63 
 
 		 271 aa  223  4e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  42.46 
 
 		 276 aa  223  4e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  42.75 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  41.92 
 
 		 270 aa  221  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  43.92 
 
 		 279 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  41.67 
 
 		 268 aa  217  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  40.15 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  43.28 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  39.03 
 
 		 273 aa  213  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  40.22 
 
 		 277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 273 aa  212  7e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  41.54 
 
 		 531 aa  209  6e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  39.1 
 
 		 281 aa  209  6e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  43.03 
 
 		 494 aa  208  7e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  37.69 
 
 		 533 aa  208  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  39.55 
 
 		 563 aa  204  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4420  MscS mechanosensitive ion channel  48 
 
 		 279 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0689552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  38.08 
 
 		 288 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  37.27 
 
 		 538 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  38.46 
 
 		 544 aa  202  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 561 aa  202  4e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  41.49 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  45.42 
 
 		 278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  35.66 
 
 		 549 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  35.66 
 
 		 549 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 		 547 aa  199  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  39.3 
 
 		 280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  35.66 
 
 		 549 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  45.04 
 
 		 278 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4496  MscS mechanosensitive ion channel  46.74 
 
 		 280 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.737667  normal  0.727724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  37 
 
 		 550 aa  198  7e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>