More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_1967 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
279 aa  563  1e-160  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  54.24 
 
 
275 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  51.45 
 
 
280 aa  311  7.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  50.92 
 
 
276 aa  298  7e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  51.31 
 
 
275 aa  288  6e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  51.95 
 
 
270 aa  286  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  50.39 
 
 
279 aa  276  4e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  47.31 
 
 
276 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  52.47 
 
 
279 aa  271  9e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  44.32 
 
 
270 aa  268  7e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  46.27 
 
 
286 aa  268  7e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  45.9 
 
 
288 aa  265  5.999999999999999e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  52.4 
 
 
277 aa  260  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  44.04 
 
 
274 aa  259  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  43.73 
 
 
274 aa  257  1e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  48.21 
 
 
269 aa  256  2e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  49.43 
 
 
275 aa  256  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  44.36 
 
 
287 aa  255  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  45.56 
 
 
288 aa  254  8e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  43.27 
 
 
275 aa  248  6e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  45.31 
 
 
275 aa  246  3e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  41.58 
 
 
274 aa  245  6e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  42.45 
 
 
274 aa  244  9e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  44.92 
 
 
275 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 
275 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 
275 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 
275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 
275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  44.53 
 
 
275 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  43.75 
 
 
275 aa  241  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  44.31 
 
 
280 aa  237  2e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  43.36 
 
 
275 aa  236  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  39.93 
 
 
273 aa  236  4e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  43.85 
 
 
277 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.64 
 
 
289 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.64 
 
 
289 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  42.64 
 
 
289 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  44.74 
 
 
276 aa  233  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  44.78 
 
 
283 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  48.19 
 
 
274 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  44.19 
 
 
277 aa  231  7.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  47.86 
 
 
268 aa  230  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  45.28 
 
 
266 aa  230  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  41.8 
 
 
285 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  41.8 
 
 
285 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  39.86 
 
 
275 aa  229  4e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  44.94 
 
 
297 aa  228  7e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  44.07 
 
 
279 aa  227  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  41.41 
 
 
285 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  41.02 
 
 
285 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  41.31 
 
 
286 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  41.31 
 
 
286 aa  226  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  41.31 
 
 
286 aa  226  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  41.91 
 
 
531 aa  226  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  41.31 
 
 
286 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  41.31 
 
 
286 aa  226  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  41.31 
 
 
286 aa  226  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  41.31 
 
 
286 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  41.31 
 
 
291 aa  226  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  40.29 
 
 
533 aa  225  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 
274 aa  224  1e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  40.67 
 
 
292 aa  223  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  40.93 
 
 
286 aa  223  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  40.37 
 
 
293 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  43.63 
 
 
288 aa  221  8e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  39.21 
 
 
283 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  41.49 
 
 
291 aa  219  6e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  48.84 
 
 
276 aa  218  7.999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  38.95 
 
 
283 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  43.7 
 
 
278 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  39.05 
 
 
547 aa  217  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  41.8 
 
 
549 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  41.74 
 
 
540 aa  217  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  41.8 
 
 
549 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  41.8 
 
 
549 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  43.19 
 
 
275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  41.25 
 
 
550 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  41.47 
 
 
298 aa  216  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  44 
 
 
494 aa  215  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  43.6 
 
 
277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  39.92 
 
 
270 aa  212  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  39.84 
 
 
547 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  39.92 
 
 
538 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  40.47 
 
 
551 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  40.47 
 
 
551 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  43.16 
 
 
286 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  43.16 
 
 
286 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  43.16 
 
 
286 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  43.16 
 
 
286 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  43.16 
 
 
286 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  41.5 
 
 
563 aa  209  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  47.98 
 
 
200 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  42.19 
 
 
322 aa  208  9e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  42.45 
 
 
291 aa  207  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  40.71 
 
 
532 aa  206  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  38.76 
 
 
268 aa  206  3e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  39.33 
 
 
273 aa  206  5e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  46.61 
 
 
283 aa  205  6e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  41.7 
 
 
284 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  40.16 
 
 
291 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>