More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1584 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
279 aa  564  1e-160  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  57.04 
 
 
275 aa  341  9e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  56.78 
 
 
280 aa  339  2.9999999999999998e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  53.61 
 
 
276 aa  306  3e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  50.19 
 
 
275 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  50.59 
 
 
270 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  49.03 
 
 
275 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  49.03 
 
 
275 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  48.65 
 
 
275 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  48.26 
 
 
275 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  48.26 
 
 
275 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  48.26 
 
 
275 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  48.26 
 
 
275 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  47.49 
 
 
275 aa  279  4e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  50.19 
 
 
274 aa  278  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  48.85 
 
 
274 aa  276  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  52.47 
 
 
279 aa  276  3e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  47.33 
 
 
275 aa  274  9e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  48.65 
 
 
274 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  52.79 
 
 
279 aa  273  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  48.63 
 
 
275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  47.49 
 
 
274 aa  273  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  45.95 
 
 
277 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  47.49 
 
 
269 aa  268  8.999999999999999e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  45.05 
 
 
287 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  46.69 
 
 
270 aa  264  1e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  45.05 
 
 
288 aa  262  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  44.57 
 
 
288 aa  256  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  44.8 
 
 
276 aa  254  8e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  49.41 
 
 
275 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  45.62 
 
 
279 aa  252  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  43.92 
 
 
286 aa  251  7e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  45.56 
 
 
277 aa  245  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  40.49 
 
 
291 aa  241  7.999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  40.58 
 
 
286 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  40.58 
 
 
286 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  40.58 
 
 
286 aa  241  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  40.58 
 
 
286 aa  241  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  40.58 
 
 
286 aa  241  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  40.58 
 
 
286 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  40.58 
 
 
286 aa  241  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  45.49 
 
 
274 aa  240  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  42.45 
 
 
277 aa  239  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  40.22 
 
 
286 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  44.23 
 
 
266 aa  238  6.999999999999999e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  45.61 
 
 
286 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  45.61 
 
 
286 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  45.61 
 
 
286 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  45.61 
 
 
286 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  46.94 
 
 
276 aa  236  4e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  45.61 
 
 
286 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  42.02 
 
 
283 aa  235  6e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  42.02 
 
 
275 aa  234  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  42.75 
 
 
273 aa  232  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  42.38 
 
 
271 aa  231  7.000000000000001e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  42.01 
 
 
271 aa  232  7.000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  40.67 
 
 
293 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  41.25 
 
 
285 aa  230  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  45 
 
 
268 aa  231  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  41.25 
 
 
285 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  42.49 
 
 
277 aa  230  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  40.86 
 
 
285 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  41.54 
 
 
289 aa  229  5e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  41.54 
 
 
289 aa  229  5e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  41.54 
 
 
289 aa  229  5e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  40.86 
 
 
285 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  43.31 
 
 
280 aa  228  7e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  38.95 
 
 
292 aa  228  8e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  43.98 
 
 
494 aa  227  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  40.4 
 
 
274 aa  225  6e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  39.49 
 
 
283 aa  225  7e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  38.49 
 
 
533 aa  223  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  43.59 
 
 
288 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  39.71 
 
 
275 aa  222  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  40.98 
 
 
291 aa  222  4.9999999999999996e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  42.13 
 
 
284 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  39.69 
 
 
538 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  40.08 
 
 
547 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  40.96 
 
 
547 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  38.76 
 
 
268 aa  220  1.9999999999999999e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  39.64 
 
 
534 aa  219  3.9999999999999997e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  40.91 
 
 
540 aa  217  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  40.61 
 
 
551 aa  217  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  40.61 
 
 
550 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0561  MscS mechanosensitive ion channel  40.61 
 
 
551 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  42.98 
 
 
283 aa  217  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  40.45 
 
 
297 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  40.64 
 
 
549 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  37.46 
 
 
298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  40.64 
 
 
549 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  40.64 
 
 
549 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  39 
 
 
283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  38.15 
 
 
278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  38.55 
 
 
544 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  37.82 
 
 
561 aa  210  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  37.68 
 
 
563 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  36.96 
 
 
532 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  35.8 
 
 
273 aa  208  9e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  36.65 
 
 
531 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  46.7 
 
 
200 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>