More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002474 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 
288 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  91.32 
 
 
288 aa  529  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  83.62 
 
 
287 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  81.09 
 
 
286 aa  451  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  55.81 
 
 
275 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  55.81 
 
 
275 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  56.18 
 
 
275 aa  306  3e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  55.06 
 
 
275 aa  305  7e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.8 
 
 
289 aa  304  9.000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  55.43 
 
 
275 aa  304  9.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  51.8 
 
 
289 aa  304  9.000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.8 
 
 
289 aa  304  9.000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  55.06 
 
 
275 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  55.06 
 
 
275 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  55.43 
 
 
275 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  53.57 
 
 
288 aa  302  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  53.9 
 
 
274 aa  299  4e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  53.18 
 
 
275 aa  297  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  53.91 
 
 
275 aa  296  4e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  55.94 
 
 
274 aa  295  4e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  56.42 
 
 
275 aa  294  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  53.64 
 
 
275 aa  292  5e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  53.01 
 
 
270 aa  290  2e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  53.64 
 
 
277 aa  287  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  49.44 
 
 
285 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  49.44 
 
 
285 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  52.63 
 
 
274 aa  285  5e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  49.06 
 
 
285 aa  285  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  49.45 
 
 
283 aa  285  7e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  54.41 
 
 
274 aa  284  9e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  47.48 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  47.48 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  47.48 
 
 
291 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  47.48 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  51.18 
 
 
276 aa  284  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  47.48 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  47.48 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  47.48 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  47.48 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  48.69 
 
 
285 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  48.38 
 
 
293 aa  282  5.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  47.12 
 
 
286 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  50 
 
 
292 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  49.64 
 
 
283 aa  279  4e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  53.97 
 
 
277 aa  277  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  49.25 
 
 
269 aa  277  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  50.38 
 
 
280 aa  276  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  48.52 
 
 
291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  49.28 
 
 
284 aa  268  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  48.56 
 
 
286 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  48.56 
 
 
286 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  48.56 
 
 
286 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  48.56 
 
 
286 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  48.2 
 
 
286 aa  265  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  45.69 
 
 
270 aa  264  2e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  48.45 
 
 
276 aa  258  9e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  45.93 
 
 
275 aa  257  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  47.27 
 
 
275 aa  253  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  47.08 
 
 
268 aa  248  1e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  46.84 
 
 
275 aa  246  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  45.9 
 
 
279 aa  246  4e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  46.56 
 
 
283 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  45.42 
 
 
274 aa  239  2.9999999999999997e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  45.05 
 
 
279 aa  236  4e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  44.16 
 
 
274 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  46.56 
 
 
279 aa  229  5e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  43.66 
 
 
278 aa  227  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  49.31 
 
 
283 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  44.09 
 
 
276 aa  225  8e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  41.47 
 
 
273 aa  223  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  41.92 
 
 
270 aa  223  4e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  42.22 
 
 
277 aa  219  5e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  40.15 
 
 
298 aa  219  6e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  43.92 
 
 
279 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  40.38 
 
 
271 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  40.75 
 
 
271 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  41.96 
 
 
531 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  42.92 
 
 
268 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  38.87 
 
 
281 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  43.7 
 
 
276 aa  211  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  40.6 
 
 
277 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 
533 aa  208  8e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  40.41 
 
 
291 aa  206  4e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  38.43 
 
 
563 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  41.95 
 
 
494 aa  202  5e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  41.25 
 
 
280 aa  201  8e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  37.41 
 
 
561 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  38.08 
 
 
288 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  38.43 
 
 
532 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  37.69 
 
 
538 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  35.36 
 
 
273 aa  199  3.9999999999999996e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4420  MscS mechanosensitive ion channel  45.11 
 
 
279 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0689552  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  38.06 
 
 
544 aa  198  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  40.64 
 
 
258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4496  MscS mechanosensitive ion channel  45.98 
 
 
280 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.737667  normal  0.727724 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  34.72 
 
 
534 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  36.86 
 
 
297 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  43.68 
 
 
278 aa  195  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  43.3 
 
 
278 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  43.69 
 
 
292 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>