More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1791 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 		 369 aa  758    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  57.7 
 
 		 384 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  55.99 
 
 		 413 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  52.42 
 
 		 373 aa  368  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  46.15 
 
 		 391 aa  322  7e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0460  putative mechanosensitive ion channel  49.15 
 
 		 357 aa  322  7e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  51.45 
 
 		 367 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  50.16 
 
 		 399 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  43.32 
 
 		 383 aa  301  1e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.01 
 
 		 383 aa  299  5e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2066  MscS mechanosensitive ion channel  42.66 
 
 		 424 aa  282  7.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.838165  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  51.9 
 
 		 343 aa  276  5e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  51.9 
 
 		 343 aa  275  9e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  51.9 
 
 		 343 aa  275  9e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  51.9 
 
 		 343 aa  275  9e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  51.9 
 
 		 343 aa  275  9e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  51.9 
 
 		 343 aa  275  9e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  51.9 
 
 		 343 aa  275  9e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.9 
 
 		 343 aa  275  9e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  51.9 
 
 		 343 aa  275  9e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  44.48 
 
 		 343 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  44.16 
 
 		 343 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  44.16 
 
 		 343 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  43.83 
 
 		 343 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  43.83 
 
 		 343 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  36.94 
 
 		 381 aa  226  6e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0700  hypothetical protein  33.23 
 
 		 365 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.744044 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  35.98 
 
 		 380 aa  219  7.999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2220  MscS Mechanosensitive ion channel  45.18 
 
 		 339 aa  205  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1076  MscS mechanosensitive ion channel  44.7 
 
 		 378 aa  202  8e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119695  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2212  small mechanosensitive ion channel  38.12 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.414294  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27641  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  40 
 
 		 373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  36.48 
 
 		 682 aa  166  6.9999999999999995e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04171  small mechanosensitive ion channel, MscS family protein  35.38 
 
 		 370 aa  163  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.610357 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  33.77 
 
 		 363 aa  158  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 400 aa  159  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 		 354 aa  149  6e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  29.32 
 
 		 624 aa  149  6e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  28.09 
 
 		 624 aa  149  9e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  28.49 
 
 		 433 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  34.68 
 
 		 633 aa  144  2e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  28.45 
 
 		 431 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  35.05 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 362 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  34.88 
 
 		 356 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 		 467 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  29.11 
 
 		 388 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  36.74 
 
 		 662 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 		 352 aa  132  9e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0847  mechanosensitive ion channel family protein  33.49 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0334937  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  34.16 
 
 		 569 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  26.76 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  27.96 
 
 		 627 aa  129  5.0000000000000004e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 		 426 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 		 533 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  35.34 
 
 		 351 aa  126  7e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  26.5 
 
 		 378 aa  126  8.000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  33.5 
 
 		 562 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  27.91 
 
 		 378 aa  125  9e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 		 567 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  35.78 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  26.89 
 
 		 627 aa  123  4e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  26.89 
 
 		 627 aa  124  4e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1900  MscS mechanosensitive ion channel  32.84 
 
 		 240 aa  123  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0998935  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 351 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  25.44 
 
 		 373 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  33.5 
 
 		 614 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1578  small-conductance mechanosensitive channel  30.88 
 
 		 534 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00006998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  29.82 
 
 		 456 aa  113  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  28.14 
 
 		 355 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  38.19 
 
 		 543 aa  107  4e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 		 377 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 		 377 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  28.71 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  29.64 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1650  MscS mechanosensitive ion channel  28.14 
 
 		 570 aa  104  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  25.75 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 377 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  26.8 
 
 		 484 aa  102  1e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  26.76 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2145  MscS mechanosensitive ion channel  27.3 
 
 		 537 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000018711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 375 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  32.18 
 
 		 547 aa  99.8  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 		 305 aa  99.4  9e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 		 283 aa  99  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  31.53 
 
 		 279 aa  99  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1446  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 648 aa  98.6  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.770596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  26.54 
 
 		 590 aa  99  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  24.18 
 
 		 349 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  31.42 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>